康熙十二年(1673年)十一月，鎮(zhèn)守云南的平西王吳三桂誅殺云南巡撫朱國治，自稱天下都招討兵馬大元帥，以"興明討虜"為旗號，宣布反清。由于吳三桂在永歷十六年（1662年）在昆明弒殺南明永歷皇帝朱由榔，吳三桂所謂的反清復明是沒有人相信的。但吳三桂拉開的反清大幕，卻也振奮了漢人反清復明的信心。

當時占據(jù)臺灣以大明遺臣自居的明鄭集團掌門人鄭經(jīng)（鄭成功的兒子）認為這是“反攻大陸”的絕佳機會，于是鄭經(jīng)積極準備兵馬，伺機反攻。康熙十三年（1674年）四月，鎮(zhèn)守福建的耿精忠響應吳三桂，在福州斬殺清廷官吏，正式反清。耿精忠以提供戰(zhàn)船給鄭經(jīng)為條件邀約鄭經(jīng)出兵協(xié)助自己共同打擊清軍，鄭經(jīng)遂以世子鄭克臧為監(jiān)國，命陳永華輔政留守。自率鄭軍主力渡海到廈門。鄭經(jīng)要求耿精忠將漳州、泉州兩地讓給自己作為屯兵屯糧之所，但此時的耿精忠已經(jīng)基本殲滅了福建境內(nèi)的清軍，認為無需鄭經(jīng)助戰(zhàn)，遂拒絕了鄭經(jīng)的建議。

于是，鄭經(jīng)用武力奪取了海澄、同安等地，再加上鄭經(jīng)部軍紀嚴明，旗號又是反清復明，泉州、漳州、潮州等地的漢人反清勢力紛紛歸附，鄭經(jīng)勢力大震。康熙十四年（1675年）正月，耿精忠與鄭經(jīng)出于共同應對清軍威脅的角度考慮，達成和解，雙方以楓亭（今仙游縣楓亭鎮(zhèn)）為界限，北方屬耿精忠、南方屬鄭經(jīng)，至此鄭經(jīng)已經(jīng)控制了泉州、漳州、潮州三州之地。康熙十五年（1676年），鄭經(jīng)擊敗鎮(zhèn)守廣東的平南王尚之信，奪取惠州，迫使尚之信加入反清陣營，至此三藩全部反清，三藩之亂達到最大規(guī)模，鄭經(jīng)控制的地盤也達到極盛。

隨著尚之信的反清，鄭經(jīng)周圍也全部成了理論上的盟友，這也間接限制了鄭經(jīng)的擴張。耿精忠、尚之信皆為此前的降清將領，鄭經(jīng)則是鄭成功余部，此前一直是死敵，現(xiàn)在勉強因為反清走到了一起，雙方的矛盾其實是根深蒂固、不可調和的，隨著清軍的威脅暫退，他們之間的矛盾又開始浮現(xiàn)，繼而又開始了南明的老傳統(tǒng)——內(nèi)訌。

康熙十五年（1676年）五月，耿精忠計劃與吳三桂部夾擊江西，繼而使西南與東南兩大反清基地連成一片，耿精忠征召自己的部將汀州（今長汀）總兵劉應麟從征江西，但劉應麟留戀八閩繁華，不想跟著耿精忠西征流血。于是，劉應麟暗中聯(lián)絡鄭經(jīng)，并將汀州獻給鄭經(jīng)，以求鄭經(jīng)的庇護。鄭經(jīng)與耿精忠是盟友，按理說不應該接受盟友叛將，但鄭經(jīng)貪戀汀州城，私自接受了劉應麟和汀州城。鄭經(jīng)此舉可謂赤裸裸地背信棄義，自然引起了耿精忠的極大憤怒，二人也由此決裂。

耿精忠把本來西征的軍隊用來東討鄭經(jīng)、劉應麟，此舉導致攻打江西的吳三桂部陷入孤軍奮戰(zhàn)的窘境，最終江西被清軍控制，打通東南、西南的戰(zhàn)略破產(chǎn)。而耿精忠在與鄭經(jīng)、劉應麟的交戰(zhàn)過程中，江西境內(nèi)的清軍也趁機攻入福建境內(nèi)，導致耿精忠受到清軍、鄭軍的兩面夾擊，最終被清軍擊敗，耿精忠不得不再次歸降清軍。

耿精忠敗降后，鄭經(jīng)只得獨立面對清軍的壓力，形勢愈加不利。康熙十五年（1676年）十月，清軍與鄭經(jīng)在烏龍江激戰(zhàn)，鄭經(jīng)大敗，被迫退守廈門，其先控制的泉州、漳州、潮州、惠州全部得而復失，鄭經(jīng)西征行動就此草草落幕。鄭經(jīng)西征可謂南明最后一次反清復明的努力，戰(zhàn)事初期也算勢如破竹，但因為鄭經(jīng)本人的短視再加上各路反清勢力內(nèi)部的矛盾，最終陷入內(nèi)訌，導致功敗垂成。不久以后，清軍平定三藩之亂，大陸上的反清勢力被全部蕩平，困守臺灣一隅之地的明鄭集團末日也即將來臨。