洪武三十一年，朱元璋的生命也走到了盡頭，他把朱允炆叫到跟前，在說遺詔的時候，提到方孝孺時，滿是贊許，還特意強調孝孺才學過人、忠心不二，千叮萬囑朱允炆一定要重用此人。后又安慰朱允炆，說那些居功自傲、心懷不軌的驕兵悍將，都被他處理了，讓當自己安安心心的做大明的皇帝。

朱允炆思索片刻后說出了自己心底最擔憂的事，問朱元璋要是外敵入侵，該怎么辦？”朱元璋略帶得意地緩緩說，我已分封諸王，讓他們鎮守邊疆。外敵來了，你的王叔們會抵擋，你就安心做大明皇帝。

朱允炆雖年輕，卻很有遠見，他知道大明的隱患在內部，便緊接著問：“要是諸王有不軌之心，又該如何？” 這話一出，朱元璋沉默了好久，最終也沒能給出個答案。

朱元璋駕崩后，朱允炆即位，年號建文。他重用方孝孺，推行寬仁之政，輕刑簡獄、大赦天下，一心想開創太平盛世。可事與愿違，在兵部尚書齊泰和方孝孺建議下，為加強中央集權，建文帝決定削藩。短短一年，五位藩王被削，湘王朱柏不堪屈辱，舉家自焚。這一下，徹底惹惱了坐鎮北平的燕王朱棣。

建文元年，朱棣以“清君側”之名靖難。僅僅四年，朱棣的大軍渡過長江，兵臨南京城下。軍師姚廣孝深知方孝孺的影響力，特意提醒朱棣：“方孝孺是當世大儒，名滿天下，進城后他肯定不肯歸降，但千萬別殺他，不然天下讀書人心都寒了。”朱棣點頭答應。

南京城破，建文帝失蹤了。朱棣召見方孝孺，想讓這位大儒給自己起草即位詔書。方孝孺披麻戴孝，哭著走進大殿，面對朱棣的要求，他憤怒地寫下“燕賊篡位”四個大字。

朱棣強壓怒火，解釋自己是效仿周公輔佐成王，說建文帝失德，自己才不得不登上帝位。方孝孺連連質問：“建文帝在哪？為何不立成王之子？為何不立成王之弟？”朱棣被問得火冒三丈，大罵建文帝無能，稱皇位非自己莫屬，還威脅方孝孺趕緊起草詔書，不然誅他九族。

方孝孺毫不懼怕，仰天大笑：“你就是誅我十族又怎樣！”朱棣大怒，下令抓捕方孝孺十族，然后全部誅殺。方孝孺的妻子得知消息后，帶著兩個兒子自殺；兩個女兒也跳入秦淮河身亡。方孝孺的弟弟方孝友明知此去是死，仍陪著哥哥走上刑場。刑場上，方孝友吟誦訣別詩：“阿兄何必淚潸潸，取義成仁在此間。華表柱頭千載后，旅魂依舊到家山。”方孝孺聽后，仰天長嘆，說不出話來。

方孝孺也在南京聚寶門外被凌遲處死。不過話又說回來了，朱家自己的家事，又管你方家什么事？誰繼位不一樣呢？干嘛要搭上自己的十族呢？