日照海關的歷史最早可追溯到1898年。1861年，清政府在煙臺設立了"東海關",民國成立后改稱"山東海關監督公署"，下設若干分關、分卡，管理全省沿海口岸進出境活動。

1898年，清政府又在青島設立了"膠澳海關"，下設若干分關、分卡，管理膠州灣各口岸進出境活動。其中在石臼所、濤雒等海口設分關。

據省檔案館所存舊《山東省職員錄》第一期（財政廳部分）記載，1927年隸屬山東海關監督公署的石臼分關關長是侯書增，字益堂，掖縣人；但該分關設立和撤銷的時間及中間的演變無考。

1938年1月10日，日本侵略軍占領青島。當月30日，即農歷年除夕，盤踞青島的日軍派漢奸葉碧桐來石臼所，伙同官僚資本家賀某某對國民黨日照縣政府勸降，企圖在石臼所設立海關。正月初一這天，國民黨日照縣政府在全縣人民抗日激情的壓力和流亡來的韓復集部軍法處長史景州及膠縣、高密等七縣縣長的支持下將葉逮捕，次日，在其縣政府駐地十里鋪東門外處死。當天，日軍從青島派出兩架飛機來石臼所、日照城上空撒傳單，通牒限期交出葉，得知葉已被處死，遂于正月初六又從青島派出飛機兩架、軍艦三艘，對石臼所、日照城進行報復性的狂轟濫炸，成為轟動當時的"葉碧桐事件"。

1939年6月15日，駐青島的日寇海軍陸戰隊百余人占領了石白所、日照城，拼湊了日偽縣政府和維持會，在石臼所設立了"船舶聯合局"，二年后改稱"華北航業總公會石臼辦事處"，行使海關職權。

1946年2月，山東省工商管理總局第二分局日照支局設立石臼、濤雒、安東衛、王家灘4個海口事務所，即海關機構。

1947年6月，日照工商支局經上級批準，將濤雒、安東衛2個海口事務所改建為海關，石臼海口事務所歸濤雒海關領導。

1948年初，濤雒海關撤銷，合并到安東衛海關，石臼海口事務所隨歸安東衛海關領導。

1951年3月，安東衛海關和石臼海口事務所撤銷。

1984年6月7日，在建設石臼港的同時，石臼海關開始籌建。

1985年12月22日，正式成立石臼海關，為處級單位，隸屬青島海關。

1986年5月19日，舉行開關儀式，正式對外行使職權。1992年更名為日照海關。

從領導任職情況看，1985年12月，任鶴年任石臼海關副關長主持工作，同時，安豐彩、姚寶德任副關長。

1986年9月，任鶴年任關長。1988年10月，安豐彩任副關長，主持工作，王和勇任副關長。

1990年5月，安豐彩任關長。1992年3月，張曙光任日照海關副關長。1993年6月，張龍軍任關長。

以后的變遷，不再寫了。

現存的石臼海關老辦公樓位于市區黃海一路東段路北，由石臼港建設指揮部建設，主體為磚混結構，設計抗七級地震，1984年5月10日開工，1984年12月29日竣工，面積3572.86平米，為日照早期重要的臨港產業設施，為研究日照港口經濟發展提供了參考依據。