目前基因檢測已經成為肺癌治療不可或缺的檢查項目，準確解讀報告異常重要，可 報告中成堆成串的字母數字專業名詞，單個看都認識，合著一起看就不認識了。今天我們就與大家分享，如何讀懂基因檢測報告。

檢測概覽

關鍵信息：肺癌患者，樣本來源：組織、血漿（本次為組織，組織檢測準確度高）

關鍵信息：檢測基因數量，510個；檢測數量多可以獲取更多信息，不過價格也昂貴，建議根據經濟情況選擇檢測數目，不能一味追求檢測多的（實際只有10個左右可及靶向藥物）。

關鍵信息：檢測結果的簡要總結，可以一目了然看到這份報告的所有結果。

檢測結果

關鍵信息：主要看“ l類變異（具有A級或B級證據）”，“Ⅱ類變異（具有C級或D級證據）”供參考

II類變異

關鍵信息：1.以上為例，樣本共檢出8個具有明確或潛在臨床意義的變異，其中1個為肺癌高頻突變EGFR 19外顯子缺失突變（19del），且突變頻率較高，達23.98%，此突變很大程度上可歸為患者的主驅動突變。該突變為EGFR致敏突變，檢出該突變提示患者可能對EGFR-TKI用藥敏感（PS：該19del之前沒有療效數據報道）。但同時，該患者還檢出了一個PIK3CA高頻錯義突變（56.52%），多篇文獻報道，PIK3CA突變可能會降低EGFR-TKI的療效。因此，需要臨床醫生結合臨床經驗及患者臨床癥狀進行個體化治療方案的制定，綜合考慮患者適用的靶向藥物。患者服用奧希替尼3個月后出現病情進展。

2.靶向藥證據等級ABCD四個等級：A級（FDA批準，或來自于專業臨床指南），B級（較大規模的臨床研究證實，且取得臨床專家共識），C級（在其他癌種中的A級證據、或者已作為臨床試驗的篩選入組標準、或者有多個小型研究支持），D級（臨床前研究、或者是病例報道支持）。

3.變異按照臨床意義的重要性分為四個等級：l類變異（具有A級或B級證據），Ⅱ類變異（具有C級或D級證據），III類變異（尚無相關臨床證據），IV類變異（已知無臨床意義變異，報告未列出）。

4.突變頻率：指檢測到的腫瘤的突變占所有的DNA中這個基因位點的頻率，突變頻率越高，表明有此突變的腫瘤細胞占的百分比就越大。

關鍵信息：與遺傳性相關性腫瘤相關的結果。有些腫瘤具有一定的遺傳性，如乳腺癌、卵巢癌、結直腸癌等。這些患者需要關注是否存在遺傳性腫瘤相關的胚系變異。根據ACMG（美國醫學遺傳學和基因組學學會）遺傳變異注釋標準與指南（2015年版），遺傳變異分為已知致病變異、疑似致病變異、臨床意義未明變異、疑似良性變異和良性多態性變異五個等級，對應不同的遺傳風險。

關鍵信息：NCCN指南非小細胞肺癌推薦檢測的8個基因的變異，以及針對這8個基因具體覆蓋檢測了那些項目。

關鍵信息：本次檢測 同時提供了腫瘤突變負荷和MSI微衛星狀態提示，有助于臨床醫生結合臨床診斷確定是否進行個體化免疫治療。

附 錄

關鍵信息：評估用于檢測的樣本和下機數據是否合格的參數展示。若不合格，則檢測報告不具參考意義。

變異命名規則

“g.”表示基因組序列； “c.”表示DNA序列；堿基用大寫字母，如g./c.205A>T。

“n.”表示非編碼RNA序列。

“r.”表示RNA序列，堿基用小寫字母，如r.205a>u。

“p.”表示蛋白質序列 ，如p.Trp26Cys。 建議以三字母表示（第一個字母大寫），不建議以單字母表示，因為單字母容易和堿基混淆。

3’規則：對于突變的所有描述，最靠近參考序列3'端的描述優先考慮；應用于所有關于基因組，基因，轉錄本，蛋白的相關突變描述。 （解釋：序列從5’端向3’端讀取，描述靠近3’端的變化。例如：CTAGAGGTC這段序列變異為CTAGGTC，我們優先描述為缺失后面的AG，而不是前面的AG）

變異描述

替換（substitution）：指與參考序列相比，一個堿基/氨基酸被另一個堿基/氨基酸替換。 用“>”表示堿基替換，但是氨基酸替換沒有“>” 。如：c.123A>T，第123位的A被T所取代。如p.Trp26Cys，表示第26位的Trp被Cys取代 （錯義突變） ；p.Trp26Ter (p.Trp26*)，表示第26位的Trp變為終止密碼 （無義突變） ；p.Cys123=，表示基因突變之后，氨基酸沒有發生改變 （同義突變） 。

缺失（deletion）：原本有的沒有了。 用“del”表示缺失 。如：c.2052delA，第2052位發生A的缺失；p.Ala3_Ser5del，表示多肽序列中從第3位的Ala到第5位的Ser發生了缺失；

插入（insertion）：原本沒有的卻有了，且多出的部分不是其5’端緊鄰的堿基或氨基酸的拷貝——和“重復”的區別。 “ins”表示插入 。如：c.76_77insAGG，在第76 與77位點之間插入了三個堿基AGG；p.Lys2_Gly3insGlnSerLys，表示在第2位的Lys和第3位的Gly之間插入了GlnSerLys。

缺失-插入：表示同時有缺失和插入先缺失，再插入。同時滿足缺失和插入的表述規范。 “delins”表示缺失-插入 。如：c.112_117delinsTG，第112-117位堿基缺失，同時缺失的堿基被TG做取代；p.Cys28delinsTrpVal，表示第28位的Cys缺失，同時被TrpVal取代。

重復（duplication）：堿基或氨基酸多出了一份拷貝（不是多份拷貝），并且多出來的部分直接加在其3’端。 “dup”表示重復 。如：c.6_8dupT，表示從第6位到第8位發生了T的重復；p.Gly4_Gln6dup，第4位的Gly到第6位的Gln發生了重復。

多份拷貝重復（repeat）：堿基或氨基酸多出了多份拷貝，并且多出來的部分直接加在其3’端。如c.123TG[4]，表示第123位到124位的TG重復了4次；p.Ala2[10]，表示第2位的Ala重復了10次。

在碼變異（in frame）：一個或多個氨基酸變成另外的一個或多個氨基酸，但其它氨基酸編碼不受影響。DNA的單堿基替換，或堿基缺失/增加的數量是3的倍數，可導致在碼變異。在碼變異的表述：沒有“fs”。如：p.Gln8_Ala10del、p.Cys28delinsTrpVal。

移碼變異（frame shift）：DNA的堿基缺失或增加不是3的倍數，造成在起始密碼子和終止密碼子之間的開放閱讀框發生了變化。變異發生處C端下游的氨基酸編碼都受到影響。以“fs”進行表示。如p.Arg97ProfsTer23，表示第97位的Arg是首個發生改變的氨基酸，且Arg變為Pro，同時發生移碼突變后，終止密碼的位置變為第23位。（關于確定變異后新的終止位置：受影響的第一個氨基酸確立為1，然后再新的開放閱讀框中，其C端下游的氨基酸依次編號為2、3……#。#即為終止密碼子所對應的氨基酸位置編號。把#直接連在“fsTer”或“fs*”的后面。）

倒置（inversion）：替換后的序列是原始序列的反向互補序列。 用“inv”表示倒位 。如g.1077_1080inv表示基因組序列的第1077-1080位核苷序列發生反向互補，即由..AGG CTGA TT.. 轉變為..AGG TCAG TT..

延伸（extension）：變異發生在起始密碼子或終止密碼子上，導致氨基酸序列較之原序列變長了。 用“ext”表示延伸 。如p.Met1 ext -5。

轉換：用“con”表示轉換。如NC_000022.10：g.42522624_42522669con42536337_42536382。

內含子變異表述：如：1. 替換：c.36+1G>T（c.36前一段編碼區域或者說前面一個外顯子的最后一個堿基位于編碼區36位，+1代表這個外顯子挨著的后面的內含子的第一個堿基）；2. 缺失：c.(71+1_72-1)_(154+1_155-1)del（表示兩個外顯子之間的序列發生缺失）；3. 插入：c.37+1_37+2insATC（表示在“37+1”與“37+2”位點間插入堿基ATC）。

從起始密碼開始到終止密碼為止，外顯子序列的編號是連續的；5'非翻譯區、3'非翻譯區以及內含子區的編碼都與外顯子序列的編碼相關

來源：e藥安全

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