基因功能富集分析已經(jīng)成為生物信息學(xué)中幾乎每篇文章的必備套路。

差異表達(dá)得到的顯著的基因做一個(gè)基因功能富集分析，看看是否富集在一些感興趣的功能上；共表達(dá)分析得到的基因模塊，做一個(gè)基因功能富集分析，看看這個(gè)模塊主要跟哪些功能相關(guān)；相關(guān)分析得到的候選基因，做一個(gè)基因功能富集分析，看看這些與性狀相關(guān)的基因的有一些什么功能。

此外基因功能富集分析還可以用來(lái)幫助篩選基因，確定未知功能的基因簇的潛在功能等作用。

今天就給大家安利一個(gè)好用的基因功能富集分析網(wǎng)站 WebGestalt 。

相比應(yīng)用較為廣泛的 DAVID （https://david.ncifcrf.gov/ ）WebGestalt 具有以下優(yōu)勢(shì)：

1. 結(jié)果可視化更漂亮，比如可以得到 GO 注釋的有向無(wú)環(huán)圖，直接放在文章中，高大上又直觀；疾病注釋的結(jié)構(gòu)圖等；

2. 操作更方便，點(diǎn)一點(diǎn)鼠標(biāo)，就可以下載下來(lái)整理好的數(shù)據(jù)，而 DAVID 里面下載出來(lái)的東西還需要轉(zhuǎn)化之后用其他的軟件進(jìn)行繪圖，甚是麻煩；

3. 輸入更優(yōu)化，表現(xiàn)在對(duì)輸入的 gene symbol 數(shù)目沒(méi)有限制，DAVID 的數(shù)據(jù)庫(kù)目前不能接受大于 3 000 個(gè) gene symbol 的輸入，基因數(shù)目一大就麻煩，還需要輸入幾次，還能夠識(shí)別的輸入類型更多樣；

4. 2017 年的更新版本還嵌入了第二代的功能富集分析方法 GSEA，拓?fù)渚W(wǎng)絡(luò)分析算法等。

接下來(lái)是手把手進(jìn)行一次功能富集分析的操作教程，廢話不多說(shuō)，上圖。

01

打開(kāi)網(wǎng)站

界面介樣 ↓

02

選擇目標(biāo)物種

目前 WebGestalt 網(wǎng)站支持 12 個(gè)不同的物種，具體包括 athaliana(擬南芥), btaurus（牛）, celegans（線蟲(chóng)）, cfamiliaris（狗）, dmelangaster（黑腹果蠅）,drerlo（斑馬魚(yú)）, ggallus（原雞）, hsapiens（人類）, mmusculus（小鼠）, morvegicus（褐鼠）,scerevisiae（釀酒酵母）, sscrofa（野豬）。

03

選擇要使用的方法

2017 年 WebGestalt 進(jìn)行了更新后，可以進(jìn)行 overrepresentation enrichment analysis(ORA)，Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）和 Network Topology based analysis(NTA)，其中 ORA 即我們常說(shuō)的一代的功能富集分析，基于超幾何分布的思想，進(jìn)行感興趣的基因列表和參考總集合的富集分析，也是今天我們主要操作的內(nèi)容。

04

選擇進(jìn)行功能富集分析的數(shù)據(jù)庫(kù)

在 ORA 的方法下，可以進(jìn)行 gene ontology 基因本體即 GO 分析，pathway 通路分析包括 KEGG pathway，Wiki pathway, pathway common；network 網(wǎng)絡(luò)分析包括共表達(dá)分析，PPI 分析，micoRNA 靶基因分析，TF 的靶基因分析；disease 疾病的候選基因富集分析包括 DisgeNET 和 PharmGKB 數(shù)據(jù)庫(kù)提供的數(shù)據(jù)；phenotype 表型分析包括 Human Phenotype Ontology 和 Mammalian Phenotype Ontology 的數(shù)據(jù)；

durg 藥物靶標(biāo)的富集分析等。

05

輸入基因列表

1. 選擇上傳的基因 ID 類型：

目前 WebGestalt 可以識(shí)別 324 中 ID 類型，你想要的都在這里 ^_^

2. 輸入 ID

輸入方式，可以直接復(fù)制粘貼，基因之間以換行符間隔，也可以直接上傳文件。

06

選擇參考集

根據(jù)自己的需求不同，選擇上傳參考集，或者選擇已經(jīng)有的參考集。

這個(gè)時(shí)候，你就可以 Submit 啦……

結(jié)果是介樣的↓，點(diǎn)擊 Result Download 即可下載所有的結(jié)果啦。

這個(gè)鬼畜的模塊，其實(shí)就是 GO 的有向無(wú)環(huán)圖，可以把 GO term 之間的關(guān)系展現(xiàn)處理，現(xiàn)在網(wǎng)站用 Java Script 進(jìn)行了在線交互，當(dāng)你把鼠標(biāo)放在上面的時(shí)候，可以看到每個(gè)里面的詳細(xì)參數(shù)。

另外啰嗦兩句在 advanced parameters 里面的參數(shù)設(shè)置問(wèn)題，簡(jiǎn)單說(shuō)就是利用統(tǒng)計(jì)值進(jìn)行篩選的參數(shù)，這在結(jié)果試圖也有體現(xiàn)，詳解如下：

好了，你也快去試一試吧！

我們長(zhǎng)期為科研用戶提供前沿資訊、實(shí)驗(yàn)方法、選品推薦等服務(wù)，并且組建了 70 多個(gè)不同領(lǐng)域的專業(yè)交流群，覆蓋PCR、細(xì)胞實(shí)驗(yàn)、蛋白研究、神經(jīng)科學(xué)、腫瘤免疫、基因編輯、外泌體、類器官等領(lǐng)域，定期分享實(shí)驗(yàn)干貨、文獻(xiàn)解讀等活動(dòng)。

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【2401】論文寫(xiě)作干貨資料（100 頁(yè)）

【2402】國(guó)內(nèi)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)方法匯總（60 頁(yè)）

【2403】2024 最新最全影響因子（20000+ 期刊目錄）

【2404】免疫學(xué)信號(hào)通路手冊(cè)

【2405】PCR 實(shí)驗(yàn) protocol 匯總

【2406】免疫熒光實(shí)驗(yàn) protocol 合集

【2407】細(xì)胞培養(yǎng)手冊(cè)

【2408】蛋白純化實(shí)驗(yàn)手冊(cè)

【2501】染色體分析方法匯總

【2502】國(guó)自然中標(biāo)標(biāo)書(shū)模板

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