投標文件被否決的原因有很多。

首先，在文件的簽署與蓋章方面，如果投標文件未經投標單位蓋章和單位負責人簽字，這是不符合要求的，會導致投標被否決。聯合體投標時，若沒有提交共同投標協議，也會面臨同樣的結果。

投標人的資格條件至關重要。如果投標人不符合國家或者招標文件規定的資格條件，比如資質等級不夠、經營范圍不符、安全生產許可證過期等，投標文件會被否決。像在一些工程項目招標中，要求投標人具備特定的施工資質，若不滿足，就會被淘汰。

投標文件的完整性和一致性也不容忽視。同一投標人提交兩個以上不同的投標文件或者投標報價，除非招標文件要求提交備選投標，否則這種情況是不被允許的。而且，投標文件必須對招標文件的實質性要求和條件作出響應，像交貨期、付款方式、質量標準等關鍵條款，若有遺漏或不明確，都可能導致投標被否決。

報價方面，投標報價低于成本或者高于招標文件設定的最高投標限價，會使投標無效。因為過低的報價可能意味著投標人無法正常履行合同，而過高的報價則不符合招標人的預算要求。

另外，投標人若有串通投標、弄虛作假、行賄等違法行為，一經查實，投標文件必然會被否決。例如提供虛假的業績證明、偽造資質證書等，都是嚴重的違規行為。在一些項目中，曾出現過投標人偽造業績合同以提高競爭力，最終被取消投標資格的情況。

還有一些細節問題，如投標文件的裝訂、密封不符合要求，或者未按規定提供投標保證金，以及投標文件中存在明顯的文字錯誤或計算錯誤等，也可能影響評標委員會對投標文件的評價，導致投標被否決。