孔祥熙1880年出生于山西太谷，其父親是一個教書先生。9歲的時候，孔祥熙患上腮腺炎，差點喪命。當時太谷正好有一教會醫院，孔祥熙接受其治療后得以痊愈，于是此后進入教會所創辦的華美公學讀書，畢業后又去了美國華北公理會開設的潞河書院讀書。

1900年，20歲孔祥熙回家休假，正趕上義和團運動爆發。時任陜西巡撫的毓賢是個強硬的“反洋派”，他支持義和團在山西焚燒殺戮洋人，太谷縣受到波及，孔祥熙一家收容傳教士，助其脫險。1905年，孔祥熙赴美留學，先后就讀于柏林學院和耶魯大學，獲得碩士學位。

畢業之后，孔祥熙回到老家，在教會的協助下創辦了銘賢學堂，自任校長。很快，辛亥革命就爆發了，閻錫山在太原起義，孔祥熙組織太谷商人和學生、民團維護地方秩序，被推舉為“山西中路民軍總司令”，這算是他涉足政治的開始。

孔祥熙在辦教育、搞政治的同時，還在經商。1912年，孔祥熙獲得了英國“亞細亞殼牌火油公司”在山西的獨家代理權，簡單來說就是賣煤油。當時山西人大多數還在使用燈油，為了讓大家使用煤油，孔祥熙別出心裁地提出“買煤油，送煤油燈”的優惠政策，一舉打響了自己的品牌，為此賺得盆滿缽滿。

1913年，孫中山發起二次革命，孔祥熙應邀前往日本，為中華革命黨籌集經費。在此期間，孔祥熙結識了孫中山的英文秘書宋靄齡，并很快和她結婚。

1915年，孔祥熙回到了山西，繼續經商、辦教育、從政，被當時的山西督軍閻錫山聘為參議，之后又回到革命的中心廣州，為國民政府擔任廣東省財政廳長，負責為北伐軍安穩后方財務，后來上北上上海，為蔣介石拉攏各方勢力，擔任南京國民政府工商部部長、實業部部長。

在此期間，孔祥熙干了一件大事，就是“認祖歸宗”。當時孔祥熙路過山東濟南，結識了孔子后人孔祥勉，便請他代查族譜。結果這一查，發現孔祥熙也是孔子后人，祖上是明末遷居山西的，按照族譜屬于孔氏“六十戶”中的“紙坊戶”，是孔老夫子的75代孫。孔祥熙得知消息非常高興，把一個德國設計的青島電話的機械圖送給了孔祥勉作為禮物。此后，孔祥熙就以孔子75世孫的身份示人。

這個充滿噱頭的身份給了孔祥熙很大的好處，比如1937年，孔祥熙以國民政府特使的身份參加英王喬治六世的加冕儀式，當時英國的報紙聽說孔祥熙的身世大為震驚，《泰晤士報》畫了一幅漫畫，上有一棵大樹，一個小蘑菇，旁邊有文字說明：和風雨綿延的孔子家族相比，英國王室就像一顆小蘑菇。孔子大概是公元前551年出生的，那個時候，英國人的先祖還是未被發現的蠻荒島民。

1933年，孔祥熙就任中央銀行總裁，并在宋子文辭職后接任國民政府財政部長，自此成為了把握民國經濟命脈的頭號人物。相比宋子文的西方財經觀念，孔祥熙對于現代財經沒太多思考，但孔的處世態度則較為圓滑，不像宋子文那樣自負傲慢，更為蔣介石所喜。所以，孔祥熙從1933年11月就任財長，到1944年卸任，在這個職務上足足干了11。宋子文雖兩度出任財政，但任期加起來都沒孔祥熙長，后來他就“轉行”當外交部長、代理行政院長去了。

1967年孔祥熙死后，蔣介石曾撰寫《孔庸之先生事略》，夸贊孔祥熙在經濟工作上的貢獻，說他上任之初，政府經濟入不敷出，而在他卸任之后，國庫里已經有了美金十億以上，“可謂中國財政有史以來唯一輝煌之政績”，還盛贊他“自北伐剿共以至抗戰勝利為止之二十年中，不辭勞怨，不辯枉屈，而一心竭智盡瘁，報效黨國……”

但是，這些不過是政治辭令，從1927年南京政府建立到1944年，經過十數年的發展，國庫里存款十億美金并不是什么值得過分夸耀的事情。1927年到1937年是近代以來國民經濟發展的“黃金十年”，國庫存款十億美金的功勞不能全算到孔祥熙一人頭上。

事實上，蔣介石最清楚孔祥熙的貪污情況，在日記里也沒少對他破口大罵。1944年，孔祥熙在發行美金公債的過程中中飽私囊，用20元國幣的低價收購市值250元國幣的美元債券，足足買了5000多萬國幣，事情敗露后被傅斯年得知，向孔祥熙猛烈開炮，孔祥熙最后被免去財政部長職務。蔣介石當時就在日記中里痛罵孔祥熙，稱他不配做教徒，“貪劣不可救藥”，“無可理喻”，“不可與之再共國事”，“可恥之至”，“不能為黨國與革命前途著想，而徒為本身毀譽與名位是圖”……

1948年底，蔣經國上海“打虎”，也是因為查到了孔家的揚子公司，引起全國公憤，最后社會上把蔣氏父子連帶著痛罵。當時蔣介石在日記中寫道：黨報社論，亦攻訐我父子，無所顧忌，此全為孔令侃父子所累，人心動搖，怨恨，未有如今日之甚者……本日為孔庸之事及社會對宋、孔豪門資本之攻訐，幾乎成為全國一致之目標……

1944年，孔祥熙辭去財政部長一職后，又于1945年再辭去行政院副院長及中央銀行總裁的職務，此后前往美國定居。據蔣介石的機要秘書周洪濤回憶，1962年，孔祥熙曾短暫回臺居住，真實目的是安排長子孔令侃擔任“財政部長”，但未能成功。

1967年8月15日，孔祥熙在紐約突發心臟病去世，終年87歲。