永樂十九年深秋，金陵城外燕子磯頭泊著艘烏篷船。暮色里走來個青衫書生，腰間懸著枚螭紋玉佩，細看玉色中沁著縷血絲。此人姓沈名硯卿，本是蘇州織造府公子，三年前家中突遭大火，唯他因在虎丘訪友逃過一劫。此番進京趕考，偏逢漕運封閘，只得暫泊江岸。
戌時三刻，沈硯卿正借著船頭燈籠讀《杜工部集》，忽聽得蘆葦叢中傳來環佩叮咚。抬頭見月下立著位素衣女子，鬢邊簪著朵將謝未謝的木樨花，懷中抱著黑漆螺鈿匣。
"沈公子可識得此物？"女子嗓音似浸過寒泉，掀開匣蓋竟是半幅焦黃絹畫。畫中女子撫琴松下，身旁少年執卷而觀，題款處印著方"沈氏藏珍"的朱砂印——這正是沈家祖傳的《松風琴趣圖》，當年隨老宅俱焚。
沈硯卿手中書卷"啪嗒"落入江中，那畫中撫琴女子分明是亡故五載的長姐沈清梧！待要細問，女子已飄然登船，繡鞋點過水面竟不起漣漪。艙內忽的漫起沉水香，與長姐生前所用一般無二。
"阿姐臨終前，讓我將此匣交予公子。"女子自袖中取出羊脂玉瓶，倒出三滴琥珀色液體在船板。液體遇木即長，頃刻化作三尺見方的水鏡，鏡中顯出沈宅起火當夜情景。
但見更夫敲過三更梆子，沈老爺突然從榻上驚起，抱著個鎏金木匣沖向書房。月光透過窗欞，照見木匣里躺著對翡翠貔貅，眼珠卻是兩粒鴿血紅寶石。沈老爺顫抖著掰開貔貅口中機關，取出卷泛黃地契，正是洪武年間沈家祖上獲賜的江南三百頃桑園。
此時房梁竄起火苗，火中竟走出個戴青銅面具的黑衣人。沈老爺將地契塞入《松風琴趣圖》夾層，轉身便被利刃穿胸。黑衣人取走翡翠貔貅，卻未察覺畫軸暗格。鏡面在此處碎裂，濺起的碎片中映出女子含淚雙眸："公子可知，那對貔貅本是大內庫房之物？"

五更鼓響時，女子化作青煙散去，唯余螺鈿匣靜靜躺在艙中。沈硯卿摩挲著畫軸裂口，果然摸到桑皮紙地契，背面還有父親血書的四句偈語："金鱗豈是池中物，玉碎江寧化碧波。若要乾坤清朗日，且看鐘山石佛眸。"
次日清晨，沈硯卿改道鐘山。行至半山腰紫霞洞，忽見石壁上刻著首《踏莎行》，墨跡猶新："廿載沉冤鎖玉匣，三更冷月照朱砂。當年誰種相思豆，今朝都作斷腸花。"落款竟是"姑蘇故人"。
正驚疑間，洞中傳來棋子落枰之聲。循聲而入，見兩位老叟對弈石臺，左側老者鶴發童顏，右側的竟是三年前病逝的私塾先生陸九皋！沈硯卿手中畫軸"咚"地墜地，那陸先生分明在棺槨入土當日，他親手撒過紙錢的。
"沈世侄來得正好。"陸九皋推枰笑道，"這局珍瓏棋局，老朽已等了二十年。"說著指向棋盤，黑子白子竟組成金陵城廓圖樣，玄武湖處嵌著粒血紅瑪瑙。
鶴發老者突然掀翻棋局，瑪瑙滾落在地，濺起一蓬朱砂。沈硯卿頓覺天旋地轉，再睜眼已置身應天府衙卷宗庫。月光透過氣窗斜照在某冊檔案上，赫然記載著："永樂元年，內庫失竊翡翠貔貅一對，眼嵌暹羅血珀。嫌犯沈崇禮潛逃江南..."
沈硯卿渾身發抖，這沈崇禮正是他高祖名諱。檔案末頁粘著片焦黃紙箋，卻是建文四年燕王親筆手諭："尋回貔貅者，賜世襲錦衣衛千戶。"紙背還附著幅密信，揭露當年沈家先祖實為建文帝舊臣，攜宮中秘寶隱居蘇州。
寅時梆子響起，卷宗庫大門吱呀洞開。沈硯卿慌忙躲入樟木箱，透過縫隙看見進來個戴青銅面具之人，腰間玉佩刻著螭龍紋——與他隨身玉佩宛如一對。那人取出翡翠貔貅置于案上，血紅眼珠在月光下竟映出幅地圖，所指之處正是鐘山南麓的明孝陵！
七日后寒露節，沈硯卿混在香客中潛入孝陵。行至寶頂碑亭，忽見石碑底座有處螭紋凹槽，與他懷中玉佩嚴絲合縫。轉動玉佩，碑身轟然移開三尺，露出條幽深密道。
密道盡頭是間漢白玉石室，壁上夜明珠照見正中金絲楠木棺。開棺瞬間寒霧彌漫，棺內躺著個面若生人的錦袍男子，雙手交疊處正是那對翡翠貔貅。沈硯卿剛要觸碰，男子眼皮突然顫動，口中吐出枚玉蟬，蟬翼上刻滿小楷。
"朕之舊臣沈崇禮聽封..."玉蟬上的字跡竟是建文帝手書！原來當年沈家先祖奉命將傳國玉璽藏于孝陵，翡翠貔貅內機關可開啟密室。燕王破城后遍尋不獲玉璽，遂嫁禍沈家盜竊內庫珍寶。
沈硯卿取出貔貅放入棺中凹槽，男子尸身突然坐起，胸腔內傳出機括轉動之聲。玉棺底座緩緩升起檀木匣，匣中黃綾包裹的正是失蹤二十二年的傳國玉璽，璽側還附著血詔："逆臣朱棣，弒侄奪位..."
突然箭雨破空，戴青銅面具之人率黑衣衛闖入。沈硯卿抱起玉璽疾退，踩中地磚機關墜入暗河。寒水中浮起無數螢火蟲，聚成陸九皋的模樣："世侄速往北麓石佛處！"
石佛眼中淌出兩行血淚，沈硯卿按父親偈語所示，將玉璽嵌入佛掌。霎時地動山搖，佛口張開吐出個鐵匣，內藏建文帝親筆《討逆檄》與燕王罪證。此時追兵已至，為首者摘下面具——竟是現任應天府尹趙懷仁！
"沈公子果然不負所望。"趙懷仁冷笑，"交出玉璽，本官保你沈家三代富貴。"話音未落，佛掌玉璽突然迸發金光，照出趙懷仁身后重重鬼影。永樂元年內庫總管、洪武朝錦衣衛指揮使...這些本該作古之人竟都活著，個個脖頸處有圈青紫勒痕。
陸九皋的嘆息在洞中回蕩："永樂帝為尋玉璽，用南洋巫術續這些鷹犬性命，每人都欠著八百條冤魂債啊。"石佛應聲合掌，將趙懷仁等人壓成肉泥。玉璽化作金粉飄散，空中浮現建文帝虛影，對沈硯卿頷首微笑后消散于晨曦。
沈硯卿回到船上時，發現螺鈿匣中多了封婚書。原來當年沈陸兩家指腹為婚，那夜出現的女子正是陸九皋早夭的孫女。次年春闈，沈硯卿作《孝陵賦》揭露永樂舊事，雖被除名卻得民間傳抄。有人在太湖見過他教授童子，船頭總擺著盆木樨花，月圓時分會對著盆中倒影輕聲喚"阿姐"。
萬歷年間，有樵夫在鐘山拾得殘破玉蟬，上刻小詩："金川門外血成河，孝陵深處鬼夜歌。莫道帝王家國事，青史幾行葬煙波。"自此每逢陰雨，明孝陵寶頂便滲出朱砂色水漬，老太監說這是傳國玉璽在哭它見證過的百年滄桑。