袁世凱大軍壓境時(shí)，國(guó)民黨內(nèi)部還在吵打不打的問(wèn)題。迫于無(wú)奈中山先生以個(gè)人名義致電廣東都督胡漢民要求宣布獨(dú)立。胡漢民卻回電稱時(shí)機(jī)尚未成熟，孫中山于是決定親自前往廣州主持軍事行動(dòng)，因遭眾人阻攔才未去成。隨后，中山先生又命陳其美在上海宣布獨(dú)立，陳其美卻以上海沒(méi)有海軍支持為由，拒絕獨(dú)立。

這時(shí)不僅國(guó)民黨總部意見(jiàn)不一，下屬省份更是亂作一團(tuán)。廣東陳炯明不聽(tīng)胡漢民指揮，龍濟(jì)光、張我權(quán)等人還偷偷向袁世凱示好。江蘇都督程德全、湖南都督譚延闿、福建都督孫道仁，均持觀望態(tài)度，意圖很明顯，就是等局勢(shì)明朗后再出手，哪方勝支持哪方。

在二次革命爆發(fā)前，袁世凱慣用分化對(duì)手的策略。1913年6月9日，他下令免去江西都督李烈鈞的職務(wù)；6月14日，又將廣東都督胡漢民調(diào)任西藏，任命陳炯明為廣東都督，企圖借此瓦解國(guó)民政府內(nèi)部的團(tuán)結(jié)。出人意料的是，李烈鈞竟接受了免職命令，并將江西部隊(duì)撤回；胡漢民也同意前往西藏任職。袁世凱面對(duì)如此順利的局面，反倒心生疑慮，懷疑這是國(guó)民黨的緩兵之計(jì)。但在確定國(guó)民黨并無(wú)反擊決心后，袁世凱立即兵分兩路：第一軍軍長(zhǎng)段芝貴進(jìn)攻湖北、江西；第二軍軍長(zhǎng)馮國(guó)璋南下攻打南京。

此時(shí)國(guó)民黨才意識(shí)到，無(wú)論如何妥協(xié)，都無(wú)法保留自身的合法地位，遲早會(huì)被北洋軍吞并。于是，李烈鈞就任江西討袁軍總司令，痛斥袁世凱 “乘時(shí)竊柄，帝制自為，滅絕人道，暗殺元?jiǎng)祝媒柰鈧瑲埫褚猿选薄?月12日，江西宣布獨(dú)立；15日，江蘇宣布獨(dú)立；18日，安徽、廣東宣布獨(dú)立；20日，福建宣布獨(dú)立；22日，上海國(guó)民黨方面組織討袁軍向北洋軍發(fā)起進(jìn)攻。

別看各省都在宣布獨(dú)立，這里面有一個(gè)很大的問(wèn)題，那就是各省份宣布獨(dú)立的時(shí)間不一，這就表明各省內(nèi)部意見(jiàn)存在很大分歧。這些省份中，既有國(guó)民黨勢(shì)力，也有非國(guó)民黨勢(shì)力，即便在國(guó)民黨內(nèi)部，意見(jiàn)也未能統(tǒng)一，行動(dòng)上難以協(xié)調(diào)一致。江蘇、福建和湖南三省都督，內(nèi)心并不支持獨(dú)立。江蘇之所以宣布獨(dú)立，是黃興親自推動(dòng)的結(jié)果；福建都督孫道仁則是在第十四師師長(zhǎng)許崇智的武力逼迫下才宣布獨(dú)立；湖南都督譚延闿因國(guó)民黨在湖南占據(jù)優(yōu)勢(shì)，不得已宣布獨(dú)立。

在實(shí)際戰(zhàn)斗中，最先宣布獨(dú)立的江西和江蘇，也是最早失敗的省份。7月25日，湖口失守；8月18日，南昌被放棄，江西軍隊(duì)全面瓦解。黃興抵達(dá)江蘇時(shí)，江蘇都督程德全棄職逃離，軍隊(duì)士氣低落，不聽(tīng)指揮，軍餉也長(zhǎng)期拖欠。7月29日，江蘇戰(zhàn)場(chǎng)全面失利。

安徽的局勢(shì)更為混亂。江西、江蘇宣布獨(dú)立時(shí)，安徽都督柏文蔚正在南京出差，安徽第一師師長(zhǎng)胡萬(wàn)泰趁機(jī)宣布獨(dú)立，并自任安徽都督。但不久后，胡萬(wàn)泰就被憲兵營(yíng)營(yíng)長(zhǎng)祁耿寰趕走，祁耿寰隨即自稱都督。眼見(jiàn)江西、江蘇獨(dú)立失敗，祁耿寰擔(dān)心成為替罪羊，便將都督之位讓給了劉國(guó)棟。然而，柏文蔚出差歸來(lái)后，劉國(guó)棟自知不敵，匆匆逃走，柏文蔚重新?lián)伟不斩级健５匚奈瞪形凑痉€(wěn)腳跟，胡萬(wàn)泰又卷土重來(lái)，擊敗柏文蔚，再度成為安徽都督，并宣布取消獨(dú)立，向袁世凱投降。8月28日，安徽被北洋軍占領(lǐng)。

在短時(shí)間內(nèi)，國(guó)民黨的軍事力量被北洋軍徹底擊敗，孫中山、黃興等主要領(lǐng)導(dǎo)人被迫逃亡日本，再次過(guò)上了流亡生活。