1959年12月，正在高等軍事學院深造的吳瑞林，接到新任命通知，調他去東海艦隊擔任司令員。從陸軍轉入海軍工作，他思想上就是婉拒的，因為這是技術軍種，自己文化水平有限，擔任不了重任，因此各方面首長都來做工作。

很多人納悶，吳瑞林履歷上不是擔任南海艦隊司令員嗎，怎么是東海艦隊呢？

因為東海艦隊發生安全事故，軍艦與潛艇相撞導致傷亡，因此上級準備讓他接替東海艦隊司令，而陶勇調任海軍副司令員。

此時，吳瑞林不愿意，陶勇更不愿意。

自從抗美援朝回國后，他就接替華東海軍司令員一職，參加過一江山島戰役，又多次組織部隊參加海戰，東海艦隊在軍事方面是取得過不少勝利的。三大艦隊中東海艦隊成立最早，經歷作戰最多，戰斗力以及戰斗經驗最豐富。

如今因為一起事故，按說陶勇負有領導責任。他多次件檢討，要求留下將部隊帶好，上級認為他的態度積極，最終決定暫時留他擔任司令員，而吳瑞林不再去東海艦隊。

既然不用去東海艦隊，那是不是可以繼續回學院學習，然后回陸軍部隊呢？

當時，到軍事學院學制三年，到1960年才畢業。可上級是看中他了，就是把南海艦隊司令員調離，也要安排他接替司令員的職務。

他過去沒有干過海軍，怎么非要他進海軍不可能？

朝鮮戰場上，他是第一批入朝作戰的軍長，率領42軍取得不少勝利，幾乎是全程參與朝鮮戰爭。他率領部隊離開朝鮮前，距離停戰協定也就幾個月時間。

42軍過去是四野成立最晚的部隊，打硬仗、惡仗都沒有排在前面，因為作戰經驗不多。抗美援朝讓42軍歷練成一支強軍，也讓吳瑞林成為一名作戰經驗豐富的指揮員。回國后安排擔任海南軍區司令把守祖國南大門，修筑防御工事等。

1957年，寧愿放棄廣州軍區副司令員的職務，也要到軍事學院學習。

如今上級讓他轉入海軍工作，內心沒有底，顧慮很大。海軍司令員蕭勁光、政委蘇振華都分別找他談過。蕭勁光委托軍事學院副院長陳伯鈞做他的思想工作，對方可是三番五次找他談話。除此之外，還有海軍副司令劉道生，以及其他戰友們談話。

總之，在那幾天被人宴請很多次，上級也讓枕邊人多做做思想工作。妻子開口希望他轉變態度時，也說了妻子一頓。

或許在他看來，到海軍任職非他不可嗎？或許在外人看來，調吳瑞林可是沒少費勁，做各種思想工作。經過幾天思想斗爭后，上級讓他來參加南海艦隊工作匯報，與原司令多了解一些工作情況。也就是說，無論自己愿不愿意，實際上只能上任了，最終上任。