左宗棠收復新疆的計劃是先平定天山北路，再平定天山南路。1876年11月6日，清軍攻克瑪納斯后，北疆地區除伊犁外，其余敵占據點全部被收復。此時冬季來臨，大雪封山，不利于開展大規模軍事行動，清軍遂決定整軍備戰，待到次年春天再向南疆進軍。

阿古柏精心部署防守

在此期間，阿古柏也沒閑著。他派遣心腹艾克木汗率步騎8500人，以及馬人得、白彥虎殘部和1萬民團駐守吐魯番。讓大總管愛伊德爾呼里率步騎4400人扼守達坂城。達坂在蒙古語中意為“山頂隘口”，由此可見其地勢之險要。愛伊德爾呼里還在東西天山隘口之間筑起一座新城，達坂新城城高墻厚，牢牢把控著從烏魯木齊南下翻過天山的險要關口。阿古柏又讓其次子海古拉率步騎6000人防守托克遜。這三城互為犄角之勢，妄圖阻止清軍南下。阿古柏本人則親率2萬人駐守喀喇沙爾，以便隨時策應前方戰局。阿古柏的軍隊在兵力和地理位置上都占據著絕對優勢。他企圖憑借堅固城池，逐步消耗清軍兵力，待雙方陷入僵持，再親率2萬人投入戰場，徹底殲滅清軍。

左宗棠提出了三路并進的作戰方案

面對阿古柏如此精妙的部署，左宗棠提出了三路并進的作戰方案。具體安排為：劉錦棠率領老湘軍從烏魯木齊南下進攻達坂城，為北路軍；張曜部由哈密西進，為東路軍；徐占彪率領的川軍，從巴里坤出發，越天山南下，為東北路軍。劉錦棠要求三路大軍均在1877年4月14日出發，并于四月底在吐魯番會師。這樣的安排對于張曜和徐占彪而言，雖然他們路途遙遠，但半個月時間恰好能夠抵達吐魯番。然而對于劉錦棠來說，雖說從烏魯木齊到吐魯番僅有400公里，可劉錦棠要途經重兵把守的達坂城和托克遜，阿古柏在此戰線部署了近6萬人，而劉錦棠僅有不到2萬人。劉錦棠需在半個月內攻克重兵把守的達坂城和托克遜，還得翻山越嶺抵達吐魯番。很多人質疑劉錦棠能否完成這看似不可能完成的任務。

劉錦棠的首個目標是達坂城。達坂城內的守軍是阿古柏最為精銳的部隊，此地不但地勢險要，城墻高聳厚實，還配備清一色的英國武器。而且達坂城距托克遜僅兩天路程，駐守托克遜的海古拉隨時能夠前來增援。劉錦棠命董福祥率主力“董字三營”作為先鋒，從烏魯木齊南下，急行軍100多里，兩天后的16日進至達坂城外圍并迅速將其包圍。4月18日，清軍在達坂城外增筑炮臺，準備4月19日天不亮時開始攻城。劉錦棠的老湘軍都是跟隨劉錦棠從金積堡一路征戰而來，對劉錦棠極其信任。阿古柏的大總管愛伊德爾呼里堅信清軍無法攻破達坂城堅固的城池。他還儲備了可供三個月使用的彈藥和夠吃半年的糧食，且托克遜的援軍兩天就能到，他毫無顧慮，認為這座堡壘數月都未必能被攻克。

劉錦棠神機妙算輕取達坂城

劉錦棠敢如此信心滿滿地向達坂城迅速出兵，其實是做了大量功課的。他此前通過情報獲取了一份詳細的達坂城城防圖，劉錦棠發現了叛軍一個驚天漏洞，就是敵軍將所有彈藥全部存于一處。保險起見，他在攻城前沒有告訴任何人，以防敵軍修正錯誤。清軍在炮臺筑成后，他當即下令以開花炮向城內敵軍彈藥庫處猛烈轟擊，導致彈藥庫被引爆，再加上大風驟起，城里燃起了熊熊大火。城里的敵軍驚慌潰散，開始四處奔逃。劉錦棠指揮各營截擊，逃兵被清軍團團圍住，除一千多人被炸死，其余全部被俘，阿古柏的大總管愛伊德爾呼里也被活捉。劉錦棠僅付出幾人傷亡的代價，僅用半天時間便拿下了固若金湯的達坂城。

劉錦棠的降俘政策

對于大批俘虜，劉錦棠把新疆本地平民，不論哪個民族，都發給衣糧全部釋放回家。對于來自浩罕汗國的俘虜，愿留者留，愿走者走。在這一政策的感召下，愛伊德爾呼里主動給阿古柏寫了勸降信。沿線的守軍聽聞清軍僅用半天就攻克了堅不可摧的達坂城，瞬間就喪失了信心，迅速向南撤離。阿古柏為避免被劉錦棠釋放的俘虜影響軍心，讓他的兒子海古拉處死了其中的大部分，有少部分逃到清軍一方，結果卻適得其反，進一步使得阿古柏政權上下離心離德，阿古柏沿途部隊的撤退已引發了雪崩效應。阿古柏深知自己的軍隊已經失控，為了自身安全，他必須后退，決定退至庫爾勒重整軍隊。

阿古柏

清軍輕取托克遜和吐魯番

此時，張曜的東路軍和徐占彪部的東北路軍在新疆鹽池會師，他們于4月21日攻克七克騰木，22日攻克辟展，25日攻克勝金臺，直逼吐魯番。劉錦棠分派羅長祜率步騎6營從北路馳援張曜和徐占彪，合兵進攻吐魯番。這時新疆本地人聽說清軍要來，托克遜附近的當地人紛紛起義，開始反抗阿古柏的統治。因為阿古柏的統治極為暴虐，根本不把新疆本地的穆斯林當人看，新疆本地人因此痛苦不堪。面對清軍三軍合力夾攻，吐魯番的守軍沒有抵抗，白彥虎棄城逃跑，馬人得開城投降，清軍輕松收復了吐魯番，繳獲了不計其數的槍炮，還有堆積如山的糧食。此時劉錦棠和董福祥率騎兵14營進擊托克遜，托克遜敵酋阿古柏的次子海古拉聞風逃竄，逃至喀喇沙爾，劉錦棠不費一兵一卒攻克托克遜。

劉錦棠從烏魯木齊出發，僅用了12天時間，一炮突破了阿古柏6萬大軍的防線，接連攻下了達坂城、托克遜和吐魯番，迫使阿古柏退至庫爾勒，這堪稱人類戰爭史上的一個奇跡。