上期說到，新疆在蒙古時期隸屬于察合臺汗國。到了明代，蒙古帝國開始分崩瓦解，察合臺的后裔于新疆南部建立了完全伊斯蘭化的葉爾羌汗國。

可是后來這個葉爾羌汗國被強大的宗教勢力和卓家族掌控。“和卓”在伊斯蘭教中表示伊斯蘭創始人穆罕默德的嫡系子孫。在新疆的這個和卓家族在他們的頭目阿雜木逝世后，他的兒子們為爭奪教權而紛爭不斷。其中一個兒子抵達新疆的喀什噶爾傳教，并創立了黑山派。而后，他的另一個兒子也來到喀什噶爾，創立了白山派。他的后裔們在新疆南部被稱為和卓，受到當地人的狂熱尊崇。由于黑山派率先來到喀什噶爾，當地的蒙古汗王和民眾對其更為擁護，白山派則遭到了排擠。

此時，白山派的和卓阿帕克霍加前往北疆，勾結有意吞并南疆的準噶爾汗國的噶爾丹，雙方里應外合，推翻了葉爾羌汗國的察合臺后裔。自此，白山派的和卓家族成為準噶爾蒙古的附庸，統治著新疆南部。后來，噶爾丹被康熙擊敗后自殺，其侄子掌控了準噶爾。他看不慣和卓統治南疆，于是出兵攻占了南疆地區，并親自挑選本地信任的首領來進行管理。準噶爾部還將黑山派和白山派的和卓后裔關押起來，其中就包括白山派后裔阿帕克霍加的兩個孫子，即后來人們所說的大和卓波羅尼都與小和卓霍集占。

到了乾隆時期，準噶爾汗國爆發大瘟疫，五十歲的噶爾丹策零在伊犁染病離世。準噶爾汗國內部因此掀起了激烈的權力爭斗，爭奪權力失敗的準噶爾貴族表示愿意歸降大清，并向乾隆借兵。乾隆經過一番深思熟慮，認為此次是徹底消滅準噶爾、占領新疆的絕佳時機。由于準噶爾大瘟疫致使大量人員喪生，這直接助力清軍最終徹底剿滅準噶爾，成功收復新疆。

乾隆擊敗準噶爾之后，得知被準噶爾囚禁的大小和卓在南疆具有一定影響力。為保障南疆地區的社會安定，乾隆施恩將他們釋放，并讓他們回去管理南疆。乾隆原本以為他們會感恩，好好治理南疆。未曾想，大小和卓當面感激涕零，回到南疆后卻立刻反叛。無奈之下，清廷只得再次出兵收復南疆。清軍最終誅殺了大小和卓，并帶走了他們的家眷，然而清軍卻遺漏了一人，名叫薩木薩克。薩木薩克是大和卓的一個小妾所生，因這個小妾后來離開了大和卓，所以清軍當時有所疏忽。可就是這一疏忽，引發了無盡的后患。

乾隆收復新疆后，發現新疆根本沒有成熟的政治制度，大多數百姓都目不識丁。宗教貴族和阿訇們憑借權力肆意剝削底層民眾。乾隆為改善此種狀況，在北疆建立農墾兵團，從內地派遣軍隊，戰時打仗，閑時種地，吸引內地移民定居。乾隆決定維持南疆原有社會結構，同時禁止內地人向南疆移民，因為他擔憂移民與當地人因語言和風俗差異而產生沖突。清政府在南疆選用當地貴族為官。但此官員需由中央任命，且不可世襲，必須遵守清朝律法，接受清廷監督。清朝政府尊重當地宗教制度，但嚴禁宗教貴族阿訇介入政治制度。清廷插手南疆管理后，極大改善了底層老百姓的生活，但宗教阿訇的政治權力被剝奪，只保留了宗教影響力，他們仍能掌控老百姓的精神信仰，這便是新疆后來產生動亂的內在原因。

清廷管理新疆，每年需耗費三百萬兩白銀用于行政管理和軍費開支。這筆錢在新疆無法自給，只能從內地各省調撥。而且由于新疆當地生產力有限，一些生活所需物資無法就地完全解決，又不可能從遙遠的內地運來，所以大部分都向中亞國家采購，這些錢也就流向了中亞國家。與新疆接壤的中亞國家浩罕汗國，將印度、伊朗、阿富汗等地的物品銷往新疆，又把中國新疆的物品賣往這些地方。通過這種貿易，浩罕汗國賺得盆滿缽滿，迅速發展成為中亞地區的軍事強國。

浩罕汗國強盛之后，變得貪得無厭，它希望清廷降低對其商隊的稅收，但被清廷拒絕。浩罕汗國于是找到之前被清軍疏忽遺漏的大和卓之子薩木薩克，出資資助他，讓他在南疆與阿訇們聯系，密謀在南疆挑起動亂。等到薩木薩克去世，他的兒子張格爾卻妄圖奪回南疆，恢復和卓家族的威望。張格爾聯合南疆權力受限的阿訇們，加上中亞國家的資助和英國人的協助，迅速集結了十萬大軍，企圖恢復和卓家族的統治。此時已是道光皇帝時期，國力已無法與乾隆時期相提并論。道光皇帝深思熟慮后，認為祖宗留下的土地不能在自己手中丟失。在相對較大的財政壓力下，咬牙派出兩員猛將楊遇春和楊芳，率領三萬大軍，不到一年便平定了張格爾之亂，收復了南疆。

張格爾之亂

1860年的第二次鴉片戰爭，俄國趁著清廷被英法聯軍擊敗，通過威逼利誘，迫使清廷簽署了《中俄北京條約》，將外興安嶺、庫葉島以及海參崴全部割讓，并在新疆的三個城市設立領事，獲得了治外法權。而且他們得寸進尺，想趁著中國內亂，重新劃定西部邊界，在西部搶占一塊土地。

清朝原本在新疆北部的駐軍實力雄厚，但是一部分被調往內地平定太平軍，剩下的原本也足以駐守新疆。但沒想到1862年西北的穆斯林起事，陜甘回變爆發，馬化龍、妥得璘與俄國相互勾結。俄國為他們提供大量武器，妥得璘為了占領新疆，答應俄國做內應。有了內應之后，沙俄迅速出兵入侵新疆北部。當時駐扎在新疆的軍隊戰斗力還是很強的，他們和俄國軍隊進行英勇的對抗。雖說俄軍兵力和武器都強于清軍，但武器優勢并不明顯。當時的俄國與英國、法國相比，戰斗力還差一個檔次，并非那么強大，而清軍又能夠憑借多年修建的防御工事，讓俄國軍隊難以推進，雙方僵持了半年多。這次出兵新疆對俄國而言屬于遠征，需要耗費大量軍費，如果再無法攻克，俄國就必須退兵。就在這時，俄國人幫助妥得璘和索煥章先是策動了庫車的叛變，接著又占領了烏魯木齊。

清軍當時正在抵御外敵，內部出事猶如一把利刃直插心臟，徹底無力回天。俄國此時也已是強弩之末，再無能力向前推進，但他們已經擁有了要挾清廷的籌碼。俄國駐北京公使立即與恭親王展開談判，要求清廷割地賠款，否則絕不退兵。諷刺的是，俄國公使對穆斯林占領烏魯木齊的情況居然比清廷還要清楚。清廷堅決表示不是俄國打敗了清軍，所以不接受賠款。俄國公使也有些底氣不足，畢竟這并非軍事上的勝利，而是趁機敲詐，于是做出讓步，放棄了賠款的要求。但在土地問題上，俄國毫不退讓，清廷由于實在無法多線作戰，只得簽訂協議，讓俄國乘火打劫，割去了中國44萬平方公里的土地。

同時，也正因這場戰役，讓左宗棠了解了俄軍的真實實力，左宗棠知曉俄國軍隊并非吹噓的那么強大，從而在日后的新疆戰場上有了與俄國人抗衡的底氣。