韋祖珍出生于1912年，廣西東蘭人，自幼天資聰穎，勤奮好學。六歲的時候，韋祖珍進入私塾讀書，不過，因為家庭貧困，僅僅三個月后，他就輟學回家，開始幫助母親做農活，后來又幫助父親擺渡，以此補貼家用。

1928年，韋祖珍加入了家鄉的農民赤衛隊，開始參加各種革命斗爭活動，走上了革命的道路。1929年年底，韋祖珍參加了百色地區武裝反抗國民黨的軍事斗爭，此后紅七軍成立，韋祖珍也加入了紅軍，成為紅七軍的一員。

參加紅軍之后，韋祖珍表現非常優秀，不久后就擔任了班長、排長，并隨軍北上，前往中央根據地。1931年，韋祖珍加入了共青團，次年，他轉為正式黨員。入黨之后，韋祖珍又擔任了紅七軍連政治指導員、紅七軍保衛局偵察科科員、紅三軍團保衛局偵察科科員、紅一軍團教導營特派員等職務，參加了中央根據地的反“圍剿”作戰。

1934年9月，在中央紅軍長征之前，韋祖珍被任命為紅一軍團的營、團特派員，10月，第五次反“圍剿”失敗后，韋祖珍跟隨中央紅軍的主力部隊踏上了長征之路。到達陜北后，他又擔任了紅一軍團政治部保衛部副科長、科長等職務，奉命保衛陜甘寧邊區。

1937年，抗日戰爭全面爆發，韋祖珍擔任了八路軍第一一五師晉西南支隊保衛科科長，率部前往晉西南抗日前線，投身抗日救國的烽火狼煙當中。1939年，韋祖珍返回延安，進入延安馬列學院、社會部訓練班學習。畢業之后，韋祖珍再次投身政治保衛工作，擔任了總政治部保衛部副科長等職務。

1945年，在抗日戰爭勝利前夕，韋祖珍奉命南下，擔任了八路軍南下支隊警備一旅二團政委。南下期間，日本侵略者投降，此后韋祖珍接到命令，停止南下。在這之后，韋祖珍擔任了熱河軍區獨立第十八旅政委等職務，參加了解放東北的遼沈戰役，見證了東北的解放。

東北解放之后，韋祖珍隨軍入關，參加了平津戰役。平津戰役之后，他繼續南下，參加了渡江戰役、衡寶戰役、廣西戰役等，尤其是在衡寶戰役期間，韋祖珍所在的部隊奉命圍殲了桂系王牌“鋼七軍”，為解放廣西作出了重要的貢獻。

新中國成立后，韋祖珍擔任了第五十三軍副政委、二十一兵團政治部主任等職務。當時我軍空軍剛剛成立，為了加強空軍的建設，劉亞樓從全軍抽調了一批年富力強的優秀干部，其中就包括韋祖珍。1952年，韋祖珍被調到空軍，擔任了空四軍副政委。1955年授銜時，他被授予少將軍銜，成為開國少將。

在這之后，韋祖珍投身我軍空軍的建設，后續他擔任了空軍工程學院政委、福州軍區空軍政委等職務。在1966年開始的那段特殊歷史時期中，韋祖珍也受到了沖擊，身心受到迫害。也因為造反派的迫害，在授銜之后18年，也就是1973年，韋祖珍離職接受審查，直到1978年才獲釋，但結論仍留“尾巴”。

1981年，相關部門為韋祖珍恢復了一切名譽。同年10月，他按副大軍區職待遇離職休養。離休之后，韋祖珍主要生活在南寧，于1982年因病去世，享年70歲。