一個物種只要有基因組，善加利用，就可以持續發表SCI。

隨著基因組成本的降低，每年新發基因組文章數目爆發式增長。

如何利用這些基因組資源，持續發文呢？

有這么一個方向，簡直是這個問題的標準答案！

熱度高，每年SCI量超2000篇

門檻低，物種有基因組就能做

投入小，生信分析+小實驗

周期短，3-5個月從啟動到投稿

它就是低成本SCI寫作思路的王者--基因家族分析，適合各種有參物種、各種研究方向，滿配實驗可以發到一區！

1、單物種基因家族分析。多年發文量維持在高點，低成本SCI寫作思路的王者，適合各種物種、各種研究方向，滿配實驗可以發到一區！

2、泛基因家族分析。基于泛基因組的基因家族分析，現在正是紅利期，真正的0實驗發二區！

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1. 《泛基因家族分析實操》，2025年4月7日-4月9日，3天；

2.《基因家族分析實操》，2025年4月14日-4月16日，3天。

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更多問題可以加微信“532812110”聯系周老師進行咨詢！

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課程內容及優勢

組學大講堂是國內領先的生物信息培訓機構，已培訓學員近100000人，僅基因家族分析實操班已成功舉辦27期，經驗豐富。本課程有如下優勢：

優勢1：內容全面：涵蓋一區、二區文章常用分析條目，一課掌握核心技能

優勢2：零基礎友好：針對初學者設計，分析代碼封裝，數據整理完善，復制粘貼即可上手

優勢3：環境一致：采用docker虛擬機教學（國內首創），無需安裝配置，學習即實戰

優勢4：硬件要求低：云服務器教學，指令發送由服務器處理，個人電腦可正常辦公

優勢5：售后無憂：2年超長時間售后答疑，學習全程無憂

優勢6：圖表高顏值：緊跟文獻最新趨勢，使用最新R包繪圖，生成高顏值、信息量豐富的圖表，直接用于文章撰寫

《泛基因家族分析實操》課程內容：

第一節：泛基因家族文獻解讀

1. 泛基因家族相關概念介紹

2. 泛基因家族文章思路解析

3. 泛基因家族分析結果解讀

第二節：linux系統操作基礎+docker工具介紹與使用

1. Linux系統簡介

2. 目錄結構與基礎命令（cd, ls, mkdir, rm, chmod）

3. 文件操作與文本處理（grep, awk, sed, less, vim）

4. 掌握腳本(R/perl/python)，各種命令行工具使用以及任務管理

5. 認識docker，了解鏡像、容器等概念

6. 熟悉docker鏡像的使用及容器管理

7. 一鍵搭建分析環境

第三節：以最新文獻分析模塊為例，系統學習泛基因家族分析流程

1. 泛基因家族分析示例數據下載

2. 示例數據查看（常見生信數據格式介紹，包括fasta序列格式、gff文件格式、vcf文件格式等）

3. 數據預處理（提取基因最長轉錄本）

第四節：泛基因家族成員鑒定

1. hmmer結構域檢索，鑒定泛基因家族成員（結構域文件的獲取、下載、基因結構域鑒定）

2. 在數據庫(SMART、CDD、Pfam)中進行結構域確認

3. 泛基因家族成員序列提取（CDS序列、蛋白質全長序列、結構域序列）

第五節：泛基因家族成員PAV分析

1. 泛基因列表構建（jcvi鑒定同源區段）

2. 泛基因家族成員存在缺失PAV分析，結果可視化（繪制存在缺失熱圖）

第六節：泛基因家族成員系統發育和選擇壓力分析

1. 泛基因家族成員系統發育樹構建（iqtree，采用最大似然法，根據蛋白質全長序列或結構域序列構樹）

2. 泛基因家族成員選擇壓力分析，結果可視化展示（繪制各基因Ka/Ks密度分布圖、kaks>1的基因在不同基因組中頻率分布的熱圖）

《基因家族分析實操》課程內容：

第一節：基因家族介紹

1. 基因家族的定義

2. 基因家族分析文獻解讀

3. 基因家族常規分析總結及高分文章思路

第二節：Linux入門學習與生信環境搭建

1. Linux系統簡介（bash，內核，命令行界面等）

2. Linux基礎命令學習（cd、ls、awk、grep等）

3. 了解Docker運行原理、學習鏡像使用、容器管理相關命令

4. 利用Docker鏡像搭建生信分析環境

第三節：基因家族成員鑒定

1. 以擬南芥物種為例，鑒定WRKY基因家族成員

2. 學習從數據庫網站下載物種基因組，并進行數據處理（NCBI、Ensembl、JGI等）

3. 學習不同的鑒定方法（Hmmsearch、Blastp）

4. 對鑒定結果在在線數據庫二次確認（pfam，CDD，SMART）

第四節：基因家族成員遺傳進化分析及基因結構分析

1. 基于鑒定結果構建家族成員進化樹（iqtree2、MEGA）

2. 使用iTOL對進化樹進行高級美化（樹枝顏色大小，文字大小顏色，分組標記等）

3. 使用生信軟件繪制基因結構圖、染色體定位圖

4. 學習保守基序分析、順式作用元件分析

第五節：物種內基因加倍與串聯重復分析和物種間進化關系分析

1. 借助MCScanX鑒定物種內大片段復制基因對和串聯重復基因對

2. 使用circos軟件繪制出精美圈圖

3. 進行基因選擇壓力KaKs分析，估算分化時間

4. 基因家族成員在不同物種之間進化關系分析（以擬南芥和白菜物種為例，鑒定物種間的共線性區塊和WRKY基因對）

5. 對多個物種共線性分析發現保守基因

6. 多物種共線性分析結果繪圖并美化排版

第六節：基因家族成員表達模式分析

1. 對轉錄組數據搜索篩選

2. 基因家族基因不同發育階段不同部位表達熱圖展示

第七節：基因家族蛋白互作網絡分析

1. STRING獲取成員蛋白序列之間互作關系

2. Cytoscape繪制蛋白互作網絡圖

第八節：基因家族蛋白結構分析

1. 基于同源建模方法預測蛋白3D結構

2. 繪制蛋白結構域多序列比對圖（保守結構域展示）

3. 預測蛋白序列的亞細胞定位

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常見問題解答

1. 集中3天培訓是否可以學完這么多內容？

答：經過多年課程優化，盡量合并操作環節，分析代碼已經封裝好，整理好數據，復制粘貼即可分析自己的數據，大大降低了分析難度，3天完全可以學完以上分析內容。

2. 培訓后提供回放嗎？

答：培訓結束，不是學習的結束，課后可以獲得對應線上錄播視頻課程，兩年內不限次觀看。分析所用軟件、代碼、課件、筆記均會提供，另外贈送組學大講堂云服務器3個月的使用權限，學員課后仍可方便的進行練習。

3. 培訓的時候是在云服務器上，如果換了設備，分析步驟還一樣嗎？

答：組學大講堂培訓采用先進的docker虛擬機，無論在什么設備上，凡是使用我們提供的鏡像，均可保持一致的操作環境，真正做到怎么學就怎么用。

4. 能否提供發票？

答：由北京組學生物科技有限公司提供正規發票。

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培訓時間、地點及費用

《泛基因家族分析實操》舉辦時間：2025年4月7日-4月9日（3天）；

培訓費用：原價3480元/人，限時優惠2980元/人。

《基因家族分析實操》舉辦時間：2025年4月14日-4月16日（3天）；

培訓費用：原價2380元/人，限時優惠1880元/人。

舉辦地點：組學大講堂網校

優惠信息：

① 團報優惠：2人及以上同時報名，額外優惠100元/人。

②贈送價值700元組學大講堂云服務器3個月使用權；

③ 已購買過組學大講堂對應錄播課程的學員，可以按實際購買價折現予以優惠。

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報名方式

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升級1對1 VIP服務

【重磅升級】即日起，組學大講堂推出全新升級版 1對1 VIP會員服務 ，專為追求高效學習的科研人量身打造！

?全領域課程暢學：解鎖基因組、轉錄調控、宏基因組等60+門錄播與10多門直播課程（有效期內新上架課程也可學），覆蓋生信全技術棧，從零基礎到高階分析一網打盡。可2人同學，帶上學習搭子一起飛！

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