隨著日本開始全面侵華，為了掃除后顧之憂，日軍開始對東北等地的抗日武裝進行大規模圍剿。在日軍的猛攻下，大量的抗日根據地與游擊區遭受重創，這使得東北抗聯等武裝遇到了巨大的困境。

此時，抗聯已經失去了與中央的聯系，長時間孤軍奮戰，部隊損失極大。1940年9月，抗聯的領導人周保中等人收到了蘇聯遠東軍的信，正是這封信件，改變了抗聯的命運。

考慮到眼下的處境，周保中等人決定接受蘇聯的提議，分批撤入蘇聯境內。此前，蘇聯為了避免兩線作戰，一直對日本采取中立態度，可隨著德軍在西面攻城掠地，日本的行動也變得更加瘋狂。

他們在邊境一帶不斷挑釁，給蘇聯帶來了不小的麻煩，為了解決東部的隱患，蘇聯決定與抗聯合作。盡可能保留發展這支抗日武裝，他們必然能給日本人帶來更大的麻煩，蘇聯也急需抗聯提供日本人的情報。

于是，雙方經過多次協商達成了一致，周保中等人指揮著抗聯部隊順利撤入了蘇聯境內。然而這件事從一開始就存在著不少爭議。

早在雙方協商合作的時候，抗聯內部就有很多人指出部隊需要保證獨立性。畢竟抗聯是中共領導下的抗日武裝，他們不希望蘇聯遠東軍干涉過多。

考慮到這一點，周保中在撤入蘇聯后，也曾多次提出要求恢復與延安方面的聯系，可這件事一直沒有得到落實。

1941年初，抗聯的部隊已經全部進入蘇聯境內，蘇聯方面特意選了兩個駐屯所作為抗聯的駐地。他們的駐地處在黑龍江邊，位置相當隱蔽，對于急需休養生息的抗聯來說，這樣的安排非常到位。

隨后在周保中等人的指揮下，抗聯戰士們自己動手伐木蓋房、開荒種地，建立臨時休整基地，進行政治、文化學習和軍事訓練。

當然，他們并沒有忘記自己的使命，周保中將休整好的部隊，以小分隊的方式回國，參與并指揮南滿等地的抗日活動。

隨著蘇德全面開戰，日本也不斷往東北增兵，這讓抗聯在東北的處境更加艱難，不得不將全部主力都調了回去。

蘇聯方面也決定讓抗聯在蘇軍的幫助下，進行全面整訓，提升他們的作戰能力。

然而，雙方的合作一開始就存在著諸多隱患，比如抗聯許多人最關心的獨立性問題，從一開始就沒有得到蘇聯的保障。

一次雙方代表舉行的會議中，蘇軍的代表瓦西里就以蘇中抗日一致性的問題，提出把中共東北黨組織和抗聯部隊按地區分到蘇聯遠東邊防軍的各軍分區去統一指揮，不再保存自己的組織系統。

他的這番話引起了周保中的警惕，周保中意識到蘇聯是想以這種名義，徹底掌握抗聯的領導權。真按他們說得去做，那抗聯之后就徹底淪為蘇軍的附屬部隊，周保中在會上直接就拒絕了瓦西里，并不斷向蘇聯方面施壓。

他的堅持取得了不錯的效果，抗聯將士們態度如此堅決，蘇聯方面也選擇了妥協，并按照周保中等人的要求，撤掉了瓦西里的職務。

可雙方的合作是必然的事情，為了徹底解決這些問題，雙方開始了多次的談判。最終大家達成了一致，抗聯等部隊編入到蘇軍的戰斗序列，這樣可以享受到蘇軍后勤系統的支持，部隊改用蘇軍的番號。

既然不公開使用抗聯的名號，日本人也就沒有什么理由去對付他們，蘇軍同時派遣軍官到抗聯部隊中，擔任各級部隊的副職。

如此一來，蘇聯就負責了抗聯的后勤與軍事訓練等部隊建設工作，而大家關心的領導權問題，蘇聯方面同意部隊的實際領導由抗聯黨委獨立行使，蘇聯方面不會干涉。

就這樣，周保中等人帶領部隊在蘇聯境內開始了發展，有了蘇軍的支持，抗聯部隊發展得非常成功。期間，周保中也曾提出可以到西線幫助蘇聯對付德國，他的提議沒有被蘇方接受。

大家也想要回到東北，繼續參加抗日戰爭，蘇聯擔心這么做會破壞與日本的關系，也沒有同意此事。直到1945年8月，蘇軍對日開戰前，周保中等人才終于接到了斯大林的命令，批準他們回到東北對日作戰，還將建設東北的工作交給了他們。

他們非常高興，立即開始了準備工作，抗聯戰士與日本打了多年的交道，非常熟悉日軍的情況。戰斗開始后，抗聯部隊成為先遣隊，與蘇軍一同消滅了大量的關東軍，順利解放了東北各地。

他們也成功在東北建立了一系列重要據點，為中共進軍東北打下了良好的基礎，周保中等人經過了多年的孤軍奮戰，也終于等到了重回中央的那一天。