編者按：兼并重組有助于企業整合資源、實現快速發展、提高競爭力，對促進經濟結構轉型升級，實現經濟高質量發展具有重要意義。在企業所得稅稅收政策方面，財政部、國家稅務總局出臺兼并重組的特殊性稅務處理遞延納稅稅收優惠政策，以降低企業的稅收負擔水平。然而，實踐中，因兼并重組類型復雜，特殊性稅務處理程序要求較為細致，部分企業雖符合特殊性稅務處理的實體要件，但卻未向稅務機關報送特殊性稅務處理的系列資料，此種情況下，企業還能否享受特殊性稅務處理遞延納稅稅收優惠政策，本文擬結合一起案例探討。

一、實案引入：A公司符合特殊性稅務處理條件但未備案遭稅務機關納稅調整

（一）基本案情

2014年5月，因業務重組需要，C公司收購了B公司90%的股權，向B公司的股東A公司支付了股權轉讓對價，對價為C公司持有的D公司的股權。重組交易完成后至今，B公司及D公司原來的實質性經營活動未發生改變且A公司及C公司均未轉讓其所取得的股權。本次重組各方經研究認為本次重組業務滿足《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號，以下簡稱“59號文”）規定的特殊性稅務處理條件，一致選擇采用特殊性稅務處理，并于股權轉讓當月完成工商變更登記，但沒有向稅務機關報送股權收購業務總體情況說明、股權收購業務合同等證明重組業務符合特殊性稅務處理條件的資料。

2015年5月，A公司辦理企業所得稅匯算清繳時，在企業所得稅年度納稅申報表填報表單中勾選了填報A105100《企業重組納稅調整明細表》，并在《企業重組納稅調整明細表》中填寫了特殊性稅務處理下的“賬載金額”“稅收金額”“納稅調整金額”。

近期，稅務機關發現A公司重組業務采用特殊性稅務處理但未向稅務機關報送資料，遂通知A公司不得采用特殊性稅務處理，應當按照一般性稅務處理，并對A公司取得的股權進行公允價值評估，追繳A公司未繳的企業所得稅并加收滯納金。

（二）稅企雙方觀點

稅務機關認為，A公司的重組業務發生在2014年，屬于2014年企業所得稅匯算清繳事項，雖然A公司符合特殊性稅務處理條件，但是違反了59號文第十一條“企業發生符合本通知規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理”之規定，不得享受特殊性稅務處理的遞延納稅稅收優惠政策。

A公司認為，根據《關于企業重組業務企業所得稅征收管理若干問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第48號，以下簡稱“48號公告”），59號文第十一條的備案規定不再適用。因此，稅務機關不應當以A公司未備案為由，剝奪其享有的遞延納稅稅收優惠的權利。

（三）稅企雙方產生爭議的根源

本案中，稅企雙方對特殊性稅務處理備案程序對實體權利的影響有不同的理解，進而引發爭議。稅務機關認為，未履行備案程序則不能享受特殊性稅務處理的遞延納稅稅收優惠政策；企業認為，未備案不能阻礙其行使享有的實質性權利。因此，有必要追本溯源，對企業所得稅優惠管理的變遷進行撥疏。

二、企業所得稅優惠管理的變遷對納稅人享受稅收優惠政策產生不同的影響

企業所得稅稅收優惠是指國家為了鼓勵和扶持某一行業、主體的發展，在企業所得稅稅收方面采取的激勵和照顧措施，包括根據法律、法規給予納稅人免稅、減稅的政策；根據法律、法規等相關稅收規范文件，給予納稅人遞延納稅、分期納稅的政策等。如何依法依規讓納稅人享受到企業所得稅稅收優惠政策，如何防范弄虛作假、違法享受企業所得稅稅收優惠政策，損害國家稅收利益的發生，一直以來是稅務機關面臨的重要課題。同時，隨著“放管服”改革的推進，稅務機關對企業所得稅優惠管理的方式也隨之發生了變化。

（一）2008年前：企業所得稅優惠管理實行“審批制”+“核準制”

2005年8月3日，國家稅務總局發布了《稅收減免管理辦法（試行）》（國稅發〔2005〕129號，現已失效），明確了稅收減免的兩類管理方式。一是報批類，必須由納稅人先提交相應資料，向稅務機關提出申請，稅務機關審批后，向納稅人下達批復后，納稅人才能享受，即“審批制”；二是備案類，由納稅人申報相應的材料，向稅務機關提請備案，稅務機關登記備案后，告知納稅人執行，納稅人才能享受，即“核準制”。盡管國家稅務總局在該辦法中使用了“備案”的用詞，但從實際內涵看，納稅人享受稅收優惠需要事先得到稅務機關的確認，故此“備案”實為“核準”。

此階段，納稅人享受企業所得稅稅收優惠政策受到稅務機關的嚴格管控，基本上需要稅務機關的審批或核準才能夠享受。

（二）2008年至2014年：企業所得稅優惠管理實行“審批制”+“核準制”+“備案制”

2008年1月1日，《企業所得稅法》施行。稅務機關對企業所得稅優惠管理也作出相應的改變。

2008年12月1日，國家稅務總局發布《國家稅務總局關于企業所得稅減免稅管理問題的通知》（國稅發〔2008〕111號，現已失效），2009年5月15日，發布《國家稅務總局關于企業所得稅稅收優惠管理問題的補充通知》（國稅函〔2009〕255號，現已失效），明確今后國家制定的各項稅收優惠政策，凡未明確為審批事項的，均實行備案管理，備案管理為事先備案和事后報送相關資料兩種。事先備案與2008年前的“核準制”相同，納稅人如果沒有向稅務機關備案，不得享受稅收優惠政策；事后報送相關資料，也即“備案制”，由納稅人在年度納稅申報時附報相關資料，稅務機關審核后如發現其不符合享受稅收優惠政策的實體條件，取消其自行享受的稅收優惠，并相應追繳稅款。

2009年4月39日，財政部、國家稅務總局發布59號文，規定企業重組可以選擇特殊性稅務處理，并規定重組各方在企業所得稅年度申報時，向稅務機關提交書面備案資料，未備案不得享受特殊性稅務處理的遞延納稅稅收優惠政策。2010年7月26日，國家稅務總局又發布《企業重組業務企業所得稅管理辦法》（國家稅務總局公告2010年第4號，以下簡稱“4號公告”）進一步明確，如果享受特殊性稅務處理，重組各方需要稅務機關確認的，可以選擇由重組主導方向主管稅務機關提出申請，層報省稅務機關給予確認。

可見，59號文就是在此階段誕生的，并由4號公告的表述可知，特殊性稅務處理的遞延納稅稅收優惠管理方式為“核準制”，也即，需要向稅務機關提請才可享受。

此外，可以看到，相較上一階段，稅務機關對納稅人享受企業所得稅稅收優惠政策的管理有所“放松”，新增“備案制”的管理方式，部分企業所得稅稅收優惠政策，納稅人可以先享受，作企業所得稅年度申報時，再報送相關資料，稅務機關再審核。

總體而言，本階段，企業所得稅優惠管理的方式包括“審批制”“核準制”“備案制”三種。

（三）2014年至2018年：企業所得稅優惠管理實行“備案制”

2014年9月15日，國家稅務總局發布《關于稅務行政審批制度改革若干問題的意見》（稅總發〔2014〕107號，以下簡稱“107號文”），進一步推動行政審批制度改革，明確“實施備案管理的事項，納稅人等行政相對人應當按照規定向稅務機關報送備案材料，稅務機關應當將其作為加強后續管理的資料，但不得以納稅人等行政相對人沒有按照規定備案為由，剝奪或者限制其依法享有的權利、獲得的利益、取得的資格或者可以從事的活動。納稅人等行政相對人未按照規定履行備案手續的，稅務機關應當依法進行處理”。

2015年6月8日，國家稅務總局發布《稅收減免管理辦法》（國家稅務總局公告2015年第43號，現已失效），明確規定凡是屬于審批類減免事項，必須由法律法規明確授權許可。同時進一步細化備案類規定，明確納稅人可以在首次享受減免稅的申報階段在納稅申報表中附列或附送材料進行備案，也可以在申報征期后的其他規定期限內提交報備資料進行備案。

2015年8月3日，國家稅務總局發布《關于部分稅務行政審批事項取消后有關管理問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第56號，部分失效），18日，發布《關于公布已取消的22項稅務非行政許可審批事項的公告》（國家稅務總局公告2015年第58號），明確對企業所得稅優惠事項全部取消審批，一律實行備案管理方式。

2015年11月12日，國家稅務總局發布《企業所得稅優惠政策事項辦理辦法》（國家稅務總局公告2015年第76號，以下簡稱“76號公告”，現已失效），對企業所得稅法規定的優惠事項及稅法授權國務院和民族自治地方制定的優惠事項的管理作出規定，包括免稅收入、減計收入、加計扣除、加速折舊、所得減免、抵扣應納稅所得額、減低稅率、稅額抵免、民族自治地方分享部分減免等。納稅人享受企業所得稅稅收優惠需要向稅務機關報送《企業所得稅優惠事項備案表》和提交相關資料即可。如果納稅人已經享受稅收優惠但未按規定備案，納稅人發現后，應當及時補辦備案手續。稅務機關發現后，應當責令納稅人限期備案。

可見，此階段，“備案”的概念回歸“原始”的內涵，納稅人享受76號公告規定的稅收優惠事項，向稅務機關提交“備案表”及相關資料即可，無需得到稅務機關的事前“審批”或“核準”。

同時，特殊性稅務處理的遞延納稅稅收優惠管理方式也隨之發生了變化。具體來說：

2015年5月14日，國務院發布《關于取消非行政許可審批事項的決定》（國發〔2015〕27號，以下簡稱“27號文”），公布取消49項非行政許可審批事項，“企業符合特殊性稅務處理規定條件業務的核準”在取消之列。

2015年6月24日，國家稅務總局發布第48號公告，明確不再執行59號文第十一條申報備案和4號公告第十六條稅務機關確認的做法，改為年度匯算清繳時進行申報并提交相關資料。

可見，納稅人享受特殊性稅務處理的遞延納稅稅收優惠政策，亦無需得到稅務機關的事前“審批”或“核準”。

（四）2018年至今：企業所得稅優惠管理實行“備案制”+“備查制”

2018年4月25日，國家稅務總局發布《企業所得稅優惠政策事項辦理辦法》（國家稅務總局公告2018年第23號，以下簡稱“23號公告”），明確該法規定的企業所得稅優惠事項全部采用“自行判別、申報享受、相關資料留存備查”的辦理方式，即“備查制”，“備案制”的管理方式被取消。

對特殊性稅務處理的遞延納稅稅收優惠管理方式仍然采取“備案制”。

（五）小結

通過上述梳理，我們可以總結出，企業所得稅優惠管理共分為四種方式：一是“審批制”，二是“核準制”，三是“備案制”，四是“備查制”。目前，第一種和第二種方式不復存在，第三種方式主要適用于除23號公告規定外的遞延納稅、分期納稅等稅收優惠事項，第四種方式適用23號公告規定的稅收優惠事項。第三種和第四種方式均不需要稅務機關事前確認，如果稅務機關發現納稅人缺少資料，應當責令納稅人補齊，而不能徑行否定納稅人可以享受稅收優惠政策的權利。

三、A公司應當如何破局？

（一）主張稅務機關可以責令限期提交資料，可以對A公司處以最高1萬元的罰款

由前述可知，A公司的重組業務發生在第二個階段，A公司未向稅務機關提請備案，未得到稅務機關的確認，A公司不能享受特殊性稅務處理的遞延納稅稅收優惠政策。但根據實體從舊、程序從新的法律適用基本原則以及有利于納稅人原則，應當肯定107號文、27號文、48號公告在本案中的適用性。A公司符合特殊性稅務處理的實質條件，未作程序性備案不應影響企業享受特殊性稅務處理的實體性權利。

稅務機關可以根據《企業所得稅匯算清繳管理辦法》（國稅發〔2009〕79號，以下簡稱“79號文”）第八條，“納稅人辦理企業所得稅年度納稅申報時，應如實填寫和報送下列有關資料：（一）企業所得稅年度納稅申報表及其附表；……（三）備案事項相關資料”、第十五條，“納稅人未按規定期限進行匯算清繳，或者未報送本辦法第八條所列資料的，按照稅收征管法及其實施細則的有關規定處理”、《稅收征收管理法》第六十二條，“納稅人未按照規定……報送納稅資料的……由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，可以處二千元以上一萬元以下的罰款”之規定，對A公司作出處罰。

這一執法行為在實踐中也得到了印證。如在永安市某石化公司行政處罰一案中，三明市稅務局第二稽查局認為永安市某石化公司未按照規定提供免稅備案資料，遂根據107號文“納稅人等行政相對人未按照規定履行備案手續的，稅務機關應當依法進行處理”之規定和《稅收征收管理法》第六十二條對永安市某石化公司作出罰款1000元的行政處罰。

（二）主張稅務機關未對納稅申報表進行形式審查，執法行為不當

根據79號文第二十條，“主管稅務機關受理納稅人年度納稅申報后，應對納稅人年度納稅申報表的邏輯性和有關資料的完整性、準確性進行審核。審核重點主要包括：（一）納稅人企業所得稅年度納稅申報表及其附表與企業財務報表有關項目的數字是否相符，各項目之間的邏輯關系是否對應，計算是否正確。……（三）納稅人是否符合稅收優惠條件、稅收優惠的確認和申請是否符合規定程序”。

可見，稅務機關負有對納稅人申報的納稅申報表審核的義務。

本案中，A公司在2014年版的企業所得稅納稅申報表中，填報了A105100《企業重組納稅調整明細表》，但未向稅務機關提交符合特殊性稅務處理的相關資料，存在明顯的矛盾，稅務機關在接受A公司的納稅申報表時，按照常理，應當能夠審核出來，提示A公司補充備案資料，但稅務機關卻未能發現，存在過錯。

退一步講，即便稅務機關堅持對A公司作納稅調整，A公司也可根據《稅收征收管理法》第五十二條“因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金”，《稅收征收管理法實施細則》第八十條“稅收征管法第五十二條所稱稅務機關的責任，是指稅務機關適用稅收法律、行政法規不當或者執法行為違法”之規定，主張本案已經超過稅款追征期，且不應加收滯納金。

（三）啟動法律救濟程序，通過法律手段維護自身的合法權益

事實上，這些實體的抗辯終究需要通過法律救濟途徑才能實現。A公司可以按照稅務機關要求繳納稅款和滯納金，或提供相應的擔保后，依法向本案稅務機關的上級稅務機關提起行政復議，將矛盾在稅務機關內部化解。如未能夠取得理想結果，A公司還可以向人民法院提起行政訴訟，人民法院會從事實證據層面、法律適用層面、執法程序層面逐一、全面審查，其對稅務案件的審理在一定程度上超脫于稅務行政系統乃至整個行政系統的束縛，這對A公司而言，較為有利。