自美菲兩國擴大《增強防務合作協議》后，美國在菲律賓的軍事存在增強了很多，這一變化預示著兩國軍事合作出現了轉型。

目前，美國在菲律賓的軍事基地增加到了9個，這些基地既是美國在太平洋地區的前哨，也是情報收集、敵情監視、物資補給的綜合站點。

歷史上，美國在菲律賓的軍事部署經歷了擴張、收縮和轉型三個階段。早在1951年，美菲兩國簽署了《共同防御條約》（MDT），該條約奠定了雙方防務關系的基礎，雙方都承諾在發生沖突時相互提供援助。

實際上，美國此時在和蘇聯配合肢解英法殖民地，而菲律賓與美國的殖民地，肯定不能再維系，所以1946年菲律賓正式擺脫美國控制。明面上美國是不能駐軍的，而這個條約就給了其一個在菲駐軍的法理依據，即便以后菲律賓獨立，美國依舊能駐軍。

隨著時間推移，由于菲律賓國內反美情緒的高漲以及美軍基地租約的到期，菲律賓政府在1991年硬氣了一把，決定關閉美軍的蘇比克灣海軍基地和克拉克空軍基地，這一決定一度讓美軍在菲律賓陷入低谷。

隨著政府換屆，1999年美菲簽署的《訪問部隊協議》又為美軍在菲律賓的重新部署鋪平了道路。該協議允許美軍在菲律賓進行訪問、訓練和演習等活動，為美軍在菲律賓的軍事存在提供了法律基礎。此后，隨著兩國關系的不斷發展，美軍在菲律賓的軍事存在逐漸得到恢復和增強。

到了2014年，美菲又簽署了《增強防務合作協議》，這個協議可以說是美國軍事力量重返菲律賓的開端，這一年美國帶領菲律賓炒作南海爭端。

這個協議，直接讓美軍掌控了菲律賓的軍事大權。根據該協議，菲律賓將自己的軍事設施、機場、港口和訓練場的使用權通通給美國。

之后，美國還投入了大量資金用于五個指定地點的項目建設，并計劃繼續投資超過1億美元用于新舊基地的基礎設施建設。這些舉動主要是為了提升美軍在菲律賓的軍事能力，目的是=鎖住中國，以及威脅中國對中東、非洲、歐洲的海上貿易通道，即馬六甲海峽。

目前，美軍在菲基地有很多。其中，2014年確定的五個基地包括巴拉望島的安東尼奧空軍基地、邦板牙的巴薩空軍基地、新怡詩夏省的麥格賽賽堡，卡加延德奧羅的倫比亞機場和麥克坦-貝尼托·埃布恩空軍基地。

這些基地各具特色，有的擁有長跑道和先進的設施，能夠容納美軍最先進的戰斗機和運輸機，有的則是菲律賓陸軍的主要訓練場，擁有自己的跑道和停機坪。

而在2023年，美軍在菲律賓又新增了四個軍事基地，分別是巴拉巴克島基地、梅爾喬基地、卡加廷的拉洛機場和卡米洛奧西亞斯海軍基地。這些新增的基地進一步強化了美軍在菲律賓的軍事存在，也為其在亞太地區的軍事行動提供了更多的選擇和靈活性。通過控制巴士海峽、蘇祿海等重要水道，美軍能夠對亞太地區的軍事動態進行有效監視和掌控。

此外，基地功能正在轉變，美軍在菲律賓的軍事基地越來越綜合，從單一空軍基地到海陸空三軍綜合基地，很顯然這是在為戰爭做準備。未來，美軍可能會在這里部署陸基反艦系統，這是美國當下能夠遏制中國海軍的唯一方式，或許已經部署了，只是沒有公開。

美軍在菲律賓的種種舉動，引發了地區安全和菲律賓國內的諸多問題。

首先，從地區安全角度來看，美軍在菲律賓的軍事存在加劇了南海地區緊張局勢，特別是東盟國家和中國對此十分不滿，對于美軍在菲律賓的軍事基地建設表示關切和擔憂。

其次，就菲律賓國內角度來看，美軍基地的存在也是亂象叢生、藏污納垢。這些基地給菲律賓帶來了黃賭毒暴力和各種各樣的犯罪，這屬于西方國家的駐軍特色。

部分菲律賓民眾認為，美軍基地的建設可能使菲律賓未來成為沖突的目標，美國潛在對手的導彈打的不是美國本土而是菲律賓，美國會把戰爭代價轉嫁給菲律賓。當然美國并不在意這些，菲律賓只不過是亞洲版的烏克蘭。

從2009年開始，美國一直想著重返亞太的戰略目的只有一個，遏制中國，只不過十幾年來都被其它地區的各種事件影響。