在2018年的跨軍地改革之前，公安邊防部隊在云南我國這個沿邊大省部署了副軍級的云南省公安邊防總隊（同時也稱作“武警云南邊防總隊”）。云南省公安邊防總隊是一支非常精銳的現役力量，作風過硬、戰斗力強，主要由公安部邊防管理局實施垂直管理，同時接受云南省委省政府的業務領導。

在職責任務方面，云南省公安邊防總隊的主要任務有：依法履行邊境地區治安管理職責，防范、打擊邊境地區各類違法犯罪及境內外敵對勢力的滲透破壞活動，依法對出入境人員和交通工具實施邊防檢查，打擊走私、販槍販毒等跨境犯罪活動，開展湄公河聯合巡邏執法，服務邊疆經濟建設、促進邊境社會和諧。

當時，總隊機關設有司令部、政治部和后勤部，下轄機動支隊、水上支隊、文山公安邊防支隊、紅河公安邊防支隊、普洱公安邊防支隊、西雙版納公安邊防支隊、臨滄公安邊防支隊、德宏公安邊防支隊、保山公安邊防支隊、怒江公安邊防支隊、13個現役邊防檢查站以及其他總隊直屬力量。其中，云南公安邊防總隊水上支隊于2011年12月9日才正式掛牌成立，也是總隊最晚成立的支隊，主要負責在湄公河流域開展聯合巡邏執法、維護湄公河國際航運安全。

但在2018年底，根據中央對于跨軍地改革的統一部署，云南省公安邊防總隊（即武警云南邊防總隊）整體退出現役，其中主體是轉隸國家移民管理局，改編為正局級的云南出入境邊防檢查總站，現役編制轉為人民警察編制。2019年1月1日，云南出入境邊防檢查總站正式掛牌成立，同時加掛“云南省公安廳邊境管理總隊”牌子，但實際上云南出入境邊防檢查總站是由國家移民管理局實施垂直管理、與云南省公安廳并無隸屬關系。

此外，云南省公安邊防總隊（即武警云南邊防總隊）還有部分力量如水上支隊是轉隸云南省公安廳，并改編為云南省公安廳水上巡邏總隊。2019年1月1日，云南省公安邊防總隊水上支隊集體退出現役，現役編制轉為人民警察編制，改建更名為“云南省公安廳水上巡邏總隊”，后于2021年4月26日正式掛牌運轉。

據公開資料顯示，云南出入境邊防檢查總站機關及其直屬單位設在云南省會昆明市，同時在昆明、麗江、西雙版納和芒市設有4個正處級的空港出入境邊防檢查站，在文山、紅河、普洱、西雙版納、臨滄、德宏、保山、怒江等邊境州（市）設有8個正處級的邊境管理支隊，另外還領導管理著12個正處級的陸地（含鐵路、水港）出入境邊防檢查站。各邊境管理支隊同時下轄相應的邊境管理大隊（設在沿邊縣、縣級市一級），各邊境管理大隊又下轄相應的邊境派出所（設在沿邊鄉鎮一級）。

根據職責分工不同，各出入境邊防檢查站主要負責對出入國（邊）境的人員、交通運輸工具實施出入境邊防檢查，對口岸限定區域進行管理，審核簽發外國人臨時入境許可，實施邊控工作，防范查處非法入出境活動等。而各邊境管理支隊則是主要負責進出邊境管理區人員、交通運輸工具的檢查管理，邊境地區治安、戶籍管理，邊境地區出入境通行證等簽發管理，防范查處非法入出境活動，偵辦妨害國（邊）境管理犯罪案件，協助查處邊境地區其他刑事犯罪活動。