在云南省公安廳的直屬機構中，專門設有“水上巡邏總隊”，執行人民警察編制。這是一支守衛人民安全利益、維護國家尊嚴的精銳力量，其主要職責是承擔湄公河流域聯合巡邏執法，總隊機關駐地位于西雙版納傣族自治州景洪市。2021年4月26日，云南省公安廳水上巡邏總隊在西雙版納傣族自治州景洪市正式掛牌成立，并隨即投入日常部署、應急執勤。

在內設機構和下轄力量方面，云南省公安廳水上巡邏總隊設有警令部、政治處、警務保障室、聯合巡邏執法指揮部等部門，下轄著一支隊（即船艇支隊）、二支隊（即特警支隊）、三支隊（即偵查支隊）以及聯合巡邏執法警務保障中心（中心是副處級公益一類事業單位）。

據公開資料顯示，云南省公安廳水上巡邏總隊的前身是正團級的原云南省公安邊防總隊水上支隊，而云南省公安邊防水上支隊于2011年12月9日正式掛牌。云南省公安邊防總隊水上支隊的成立還要追溯到一次慘痛的國際事件，那就是2011年發生的湄公河“10·5”慘案。當時，湄公河慘案發生后，根據中央決定，云南省公安邊防總隊在當年11月從全國公安邊防部隊抽調精干力量正式組建水上支隊（首批趕來云南省西雙版納州景洪市的200余名支隊組建官兵來自全國11個沿邊、沿海公安邊防總隊），支隊官兵主要擔負在中老緬泰四國湄公河流域開展聯合巡邏執法、維護湄公河國際航運安全的重要任務。

值得一提的是，云南省公安邊防總隊水上支隊在組建的過程中還得到了大量湄公河船運行業從業者的支持。2011年11月，水上支隊招募船長的通知發出后，湄公河上有超過一半的民船船長都報了名。最終，經過體檢、政審、試用等層層嚴格選拔后，水上支隊選拔了十位優秀的船長擔任船艇駕駛、航線引導等重要崗位。

此外，云南省公安邊防總隊水上支隊由于是臨危受命組建的，時間緊、任務重，因此其第一代巡邏執法艇基本是由湄公河民船改造而成的，除保留船艇主體框架外，船艙分布、防護設施、通導系統、動力設備、外觀標識等全部進行了重新設計和加裝改裝，從而能夠適應湄公河流域的巡邏執法需要。

2014年9月，鑒于云南省公安邊防總隊水上支隊表現出色，云南省人民政府決定為水上支隊記集體一等功。而這也是對支隊官兵捍衛國家政治安全和維護海外利益、做強湄公河聯合巡邏執法機制、履行好打擊跨境違法犯罪等各項職責的最好肯定。

2019年1月1日，云南省公安邊防總隊水上支隊集體退出現役，現役編制轉為人民警察編制，轉隸云南省公安廳，改建更名為“云南省公安廳水上巡邏總隊”，后于2021年4月26日正式掛牌運轉。

現如今，云南省公安廳水上巡邏總隊的執法船艇裝備早已是“鳥槍換炮”、煥然一新，其主力執法艇都是由專業造船廠結合湄公河流域具體實況而專門研發建造的，具備航速快、性能好、等優點。最近一次新裝備入列是在2024年12月23日，當時云南省公安廳水上巡邏總隊同時有兩艘新建執法艇，即分別是新型指揮艇53108艇和高速巡邏執法艇53117艇交接入列，有力充實了總隊的裝備實力、提升了總隊的執法巡航能力。

從云南省公安邊防總隊水上支隊組建以來到現在的云南省公安廳水上巡邏總隊，官兵們與鄰國相應力量聯合開展湄公河常態化聯合巡邏執法，救助遇險商船、打擊違法犯罪、維護航運秩序穩定，為湄公河流域群眾挽回經濟損失達數億元，在維護湄公河流域的安全穩定和服務國家發展戰略中發揮了積極的作用。