公元1853年，百萬太平軍自武昌順流而下，直取滿清的江寧府。而江寧，在清朝時仍被百姓按照明朝舊俗，稱為南京。太平街軍挖掘地道，直到城根，然后用巨量的炸藥摧毀城墻。就這樣，南京外城便被攻破了。

?然而南京外城被攻陷，不等于全城被攻破。在南京城中，還有一座滿城。所謂滿城，即八旗軍駐地。滿清開國以來，歷代皇帝為了防備漢人造反，便在中國各要害之處布下八旗駐防兵。南京被攻破后，部分八旗軍便與他們的家屬入居于明朝的舊皇城。而舊皇城，也被稱為南京滿城。

太平軍入城后，一邊進軍一邊大喊：“百姓皆閉門，敢出者殺！”于是南京市民紛紛關閉門戶，因此幾乎沒有遭到屠戮。然而相比于普通市民，滿城的八旗軍民可就沒有那么幸運了。

早在入城前，楊秀清就說：“滿人皆妖，格殺勿論，婦孺不留。”《奉天討護檄》中，楊秀清也公開聲稱“誓屠八旗，以安九有”。

因此太平軍圍攻滿城，根本不會接受城內旗人的投降，而是要將他們全部殺盡。滿城八旗見自己已無退路，于是決定據城防守，背城一戰。?南京滿城的城墻又高又堅固，城中軍民達3萬人之多，因此不易攻克。與此同時，八旗軍全民皆兵，即使婦女也會使用火槍和弓箭。因此，滿城八旗幾乎將所有人都投入城墻，與太平軍進行了血戰。

據史書記載，此戰中太平軍死傷慘重，尸體堆積如山，后續士兵甚至能踩著戰友的尸體登上城墻。由于寡不敵眾，滿城最終告破。《東華續錄》記載：

“咸豐三年，粵匪竄擾江寧省城，前任江寧將軍祥厚、副都統霍龍武以及八旗協佐各官，或力竭捐軀，或臨城自盡，文武各官計三百余員，兵丁婦女不下三萬人。”

太平軍攻克滿城后，將還未被殺的數千名八旗婦孺驅趕到朝陽門外，堆積大量柴薪，將她們全部燒殺。其后，太平軍又挨家挨戶“搜妖”，而所謂“妖”就是官兵和滿人。

十一年后，風水輪流轉，太平天國氣數已盡，南京城又被曾國藩的湘軍所包圍。

曾國藩響當當的外號“曾剃頭”不是白來的，自他從一介書生辦團練始，以恐怖殺戮震懾太平軍的方針就已定了下來。

當湘軍攻占了九江，并在江西屠殺了將近三萬太平軍將士和他們的家屬。“城外勇沖殺而入，該逆（城內軍民）無路可奔，號叫之聲慘不可聞，自卯至午，殲除凈盡……尸骸堆積，流水腥紅。”曾國藩就此談到殺戮所起到作用，“經此大創，足以寒賊膽而伐賊謀，既可不留余孽并可灰其死守之心。”

1864年，馳騁數十年，曾占據半壁江山的太平天國已徹底滑向深淵，天京城已被圍二年，2萬湘軍挖戰壕圍天京，外有20萬太平軍包圍湘軍，因城高墻厚屢攻不下，無日不戰，攻伐不止連續2年，隨時面臨城破的巨大危險時，天京城內出現了前所未有的恐慌情緒，每個人的心理底線都處于崩潰的邊緣。全城彌漫著地獄般的恐怖氣氛，一時風聲鶴唳、人人自危。

1864年7月19日晚，湘軍掘地道埋入火藥轟塌太平門城垣20余丈，蜂擁搶入。天京內外，火光沖天，天京失陷。湘軍“見人即殺，見財即搶”。他們無一例外都只想獵取一個最重要的人物——天王洪秀全。 誰先得到這位神秘人物，誰就等同得到了一生的榮華富貴。

然而湘軍將整個天京城翻了個底朝天，也不見洪秀全的蹤影。月底，因為一個宮女告密，這才知道洪秀全已死一個月了。在她的指引下，曾國荃派人從天王府的大殿內挖出了洪秀全的尸體。

湘軍掘開墳墓，將還新鮮著的洪秀全扛給曾國藩當面驗看。 兩個搏殺了十多年的老對手，今天終于見面了。曾國藩在日記中記述道：“胡須微白可數，頭禿無發，左臂股左膀尚有肉，遍身用黃緞繡龍袍包裹。驗畢洪秀全的尸首，曾國藩下令：“戮尸，舉烈火而焚之!”洪秀全的尸體被刀斧剁得粉碎，曾國藩又命人把肉泥拌進火藥，裝入炮彈，然后發射出去，讓洪秀全灰飛煙滅，陰魂無歸， 即使是圣人曾國藩也是講迷信的。

湘軍進城后見人就殺，不分老幼。一時之間，南京城內血流成河，將士和百姓的尸體淤塞河道。“分段搜殺，三日之間斃賊共十余萬人，秦淮長河，尸首如麻”。

屠完城之后，湘軍開始放火燒城。

南京城已然成為了一片火海，火光直沖天空。這場大火持續三天之久。經歷了空前的災難之后，南京城中沒有一棵樹木，四處都是殘損的房屋破爛不堪。就此，南京成為了一座了無人煙的空城。曾國藩在自己的日記中記載道“城內自偽宮逆府以及民房悉付一炷”，“萬室焚燒，百物蕩盡，而貢院幸存”，“”群尸山積”, “白骨山積”, “自五代以來，生靈涂炭，殆無愈于今日。”

湘軍因為在天京城下血戰了兩年之間，自身傷亡也很慘重，湘軍都是老鄉，甚而親族關系，仇恨已使他們心理扭曲變態，以花樣虐殺太平軍為宣泄。在《曾國藩奏折》中有這樣的記述：“生擒老賊二百二十一名。每生擒一賊，輒剖腸，剝皮掛樹，磔石，見者無不凜凜。”“各營生擒逆匪一百三十四名，僅予梟首不足恨，概令剜目凌遲。”“殺之以祭壕頭堡陣亡將士，諸勇猶痛憾切齒，爭啖其肉。”

清人記載：“伏尸百萬，秦淮盡赤；號哭之聲，震動四野。”湘軍亦以“大索”為名，從上到下，每一個人置備一個大竹筐，搶到錢財就往竹筐里裝。同時亦大肆在城內外進行野蠻的屠殺

曾國藩的首席幕僚趙烈文在《能靜居士日記》中記載破城后七天時他所目睹的情形：“ 其老弱本地人民，不能挑擔，又無窖可挖者，盡遭殺死，沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無，老者無不負傷，或十余刀，數十刀，哀號之聲，達于四遠，其亂如此，可為發指。”

湘軍是私人企業，私家軍隊，朝廷是不給發軍餉的。不讓士兵們劫掠，士兵怎么能為你打仗，鬧出兵變更了不得。曾國藩如果嚴明軍紀，進城后安撫百姓秋毫無犯，那就更是嫌自己活得太長了，只能以自濁來證清白。

太平天國強盛時，南京最多有100萬人，可屠城之后10多年，到光緒登基時，南京只剩不到50萬人。