日前，河南省農業科學院畜牧研究所與北京康普森農業科技有限公司合作，成功研發出具有完全自主知識產權的河南首個地方肉牛芯片“豫牛一號”。該芯片不但可用于肉牛全基因組選擇育種、重要經濟性狀功能基因挖掘，還可用于河南本地肉牛品種遺傳特性解析、品種鑒定、資源保護等工作。

河南目前有南陽牛、郟縣紅牛、夏南牛、皮南牛、德南牛5個肉牛種源，它們具有體軀高大、肌肉發達、體質結實、肉質細膩等優質特性，蘊藏著寶貴的遺傳基因。然而，由于缺乏有效的鑒定和評價手段，這些珍貴的資源難以得到充分保護和利用。傳統的肉牛育種方法主要依賴于表型選擇，效率低、周期長。基因芯片技術能夠快速、準確地檢測出肉牛與重要經濟性狀相關的基因，從而加速優良品種的選育進程。

“豫牛一號”的開發是利用河南省全部5個肉牛種源（南陽牛、郟縣紅牛、夏南牛、皮南牛、德南牛）重測序數據，在全基因組中挖掘高檢出率、高MAF、基因組均勻分布的SNP位點41580個，同時基于肉牛通用芯片功能位點，將已發表的世界優良牛種的與生長、抗病、毛色、飼料轉換率等14個性狀顯著關聯的8420個SNP分子標記納入“豫牛一號”，共計50000個SNP位點。該芯片平均檢出率可達99.3%，重復樣本分型一致率達99.8%，具有基因組覆蓋全面、檢測成本低、分型效果好、分型準確率高等特點。該芯片不但可用于肉牛全基因組選擇育種、重要經濟性狀功能基因挖掘，還可用于河南省本地肉牛品種遺傳特性解析、品種鑒定、資源保護、新品種開發等工作。利用“豫牛一號”將進一步促進“中原牛”、“皮南牛”、“德南牛”等新品種選育提升，強化技術指導，著力推進新品種培育。

解讀河南地方牛品種“遺傳密碼”

“豫牛一號”育種芯片是以5個河南省本地肉牛品種或群體遺傳信息為基礎設計而來，未來可用于河南省本地肉牛的種質資源遺傳多樣性解析、親緣關系分析、近交評估、親子鑒定、性狀調控基因挖掘、品種鑒定、選配優化等工作，通過全面解讀河南地方牛品種“遺傳密碼”，高效地實現肉牛品種的遺傳改良。

河南地方牛品種基因組選擇

基因組選擇（GS）可利用覆蓋全基因組的分子標記構建預測模型，并對育種群體的基因組估計育種值（GEBV）進行預測，實現早期個體選擇，縮短世代間隔，加快育種進程。已有GS研究顯示，加入與預測性狀關聯的分子標記，能有效提高GEBV預測的準確性。“豫牛一號”在全基因組覆蓋位點的基礎上，加入了8420個與14個重要性狀（生長、抗病、毛色、飼料轉換率等）關聯的SNP位點，后續在開展河南地方牛品種選育時，可提升相關性狀的基因組選擇的準確性，加速河南地方肉牛新品種培育的進程。

靶向捕獲目的位點，保證基因分型準確性

芯片設計基于康普森CAGT?靶向捕獲測序技術，利用靶向探針精準捕獲目標位點區域，實現目標位點的高深度測序，保證基因分型準確性。

高靈活性，高性價比

可根據需求適當增加/刪減標記位點，進一步滿足不同的產品應用場景。基于國產化設計、檢測和分析流程，大大降低分型成本；采用自動化檢測流程，提升檢測通量和穩定性。