1894～1895年，在中日甲午戰爭中，歷經豐島海戰、黃海海戰、威海之戰等，清朝北洋海軍全軍覆沒，損失全部大小軍艦30余艘，總理海軍事務衙門奏請將衙門和海軍內外學堂一并暫行裁撤，對失事艦艇艇長全部革職，北洋海軍官兵一并遣散，北洋海軍就此消失。

甲午戰敗后，清政府仍有重建北洋艦隊的計劃，又相繼向德國、英國購買多艘大噸位鐵甲艦。

1899年3月，慈禧太后召見遭革職處分的原北洋海軍“靖遠”“康濟”艦管帶葉祖珪、薩鎮冰等人，授薩鎮冰總兵銜，授北洋水師幫統領、廣東水師提督等職，主持重建海軍的工作。

黃海海戰

1899年夏天，清政府在英國訂購的“海天”“海圻”號巡洋艦到達大沽，同期到達的還有從德國購買的4艘魚雷艇，3艘從德國訂購的穹甲巡洋艦，北洋海軍擁有1.8萬余噸的總噸位。

至此，北洋海軍擁有巡洋艦、驅逐艦、魚雷艇等10余艘，其中“海天”“海圻”號屬于二級巡洋艦，為北洋海軍史上僅次于“定遠”“鎮遠”的大噸位軍艦。

交付前的海天號防護巡洋艦，攝于1897年

1900年，為鎮壓義和團運動，英、俄、日、法、意、美、德、奧為首的8個主要國家組成八國聯軍，聯合出兵中國，以“保衛使館”的名義進行武裝干預和鎮壓。5月底，各國軍艦24艘集結大沽口外。

1900年6月16日，八國聯軍艦隊開始進攻大沽口的清朝守軍，大沽口戰役爆發。

八國聯軍

由于北洋海軍統領葉祖珪在事實上屬于反對義和拳民的一派，在大沽口戰役發生之前乘坐“海容”艦到天津商議機要，強令北洋海軍的艦艇不準開炮，并命令另外4艘魚雷艇前往山東歸隊，結果魚雷艇均被列強聯軍奪去。

葉祖珪

大沽口戰役后，為避開八國聯軍的鋒芒，在山東巡撫袁世凱的敦促下，原本在山東登州一帶巡航的“海天”“海籌”等北洋海軍的艦隊相繼前往上海。

由于京津地區，清軍正與八國聯軍交戰，北洋艦隊突然進入上海水域，引起上海租界的外國人集體大恐慌，以為北洋海軍南下上海是為了進攻上海租界，緩解北方清軍的軍事壓力。

上海租界的各國領事紛紛照會上海道，要求北洋艦隊駛離上海。

八國聯軍攻入北京

1900年6月26日，上海道臺余聯沅代表兩江總督劉坤一、湖廣總督張之洞與列強駐滬領事議定《中外互保章程》和《保護上海城廂內外章程》，又稱《東南保護約款》，規定各自保護范圍，上海租界由各國共同保護，長江及蘇杭內地由各省督撫保護，雙方不相互開戰，史稱“東南互保”。

為了安撫上海租界的外國人，清朝上海道迅速向各國領事表明立場，北洋艦隊南下上海的目的不是為了“御外”，而是為了“剿匪”，同時命令北洋艦隊各軍艦移駐江陰，加入“東南互保”的行列。

東南互保

與清政府的盲目排外舉動不同，在這場中外戰爭中，北洋海軍自外于北方戰事，選擇保持中立，保存了實力，也以某種程度的南北分裂為代價，使得清朝軍隊在戰爭時期丟失了統一對外的意志。