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細數本子中「研究基礎」部分存在的諸多問題

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國自然的前期「工作基礎」部分,也是國自然項目判斷延續(xù)性最重要的部分。


需要注意的是,該部分有兩個關鍵點:

與本項目相關的研究工作積累

已取得的研究工作成績

那么我們就今年審閱的幾百份標書,總結出來的「工作基礎」問題給大家陳述一下:

(一)預實驗體量不足

這個問題最為突出,可想而知,本身作為臨床醫(yī)生,科研只是附帶做做,哪有精力跟大家一起「卷」,所以最后形成的本子中的預實驗,往往只有大量的「生信圖」和少量的柱狀圖、WB 結果。

而除了精力問題導致預實驗不足以外,還有一個認知問題也很嚴重,就是申請人設計的國自然假說太簡單導致,殊不知別人的本子不僅思路「卷」、預實驗也「卷」,所以這就導致「瞎子摸象」的困局,始終摸不到國自然的「真象」,那么距離國自然中標也就十分遙遠。

為什么預實驗要足夠多?①專家挑刺時,不會以證據鏈不足秒殺你;②預實驗多可以彌補一下「文章不夠好」的短板;③預實驗多,證明你花了很多經費,那你并不是白嫖的態(tài)度來對待國自然,專家也能看到你的努力。

有些同學會問:會不會因為預實驗多,專家覺得你都做完了而不予資助?

既然國自然本子包含多方面顧慮,存在各種心理維度的博弈,在面對這個問題時,更愿意相信專家喜歡「預實驗充足」的本子。

兩害相權取其輕,永遠是國自然本子的正解。

所以預實驗應該包括 3-4 張組圖:

① 第一張:證明你的細胞系和動物模型,成功;

② 第二張:生信分析、分子信號軸關鍵分子和臨床問題的相關性,驗證關鍵分子在臨床樣本、細胞系和動物模型中的表達趨勢;

③ 第三張:過表達或者沉默干預后,觀察細胞和動物模型的表型,檢測一下 XXX 通路的激活情況;

④ 第四張:數據庫預測以及分子對接分析;加一個分子互作的實驗圖,證明分子機制的假說成立。

(二)圖注(legend)不詳實、預實驗圖模糊不清

字面意思,就是圖注缺失,或者描述過于粗糙,沒有介紹單圖的實驗方法和分組情況。

而有些童鞋的預實驗圖非常模糊,圖像像素極低,這又不利于專家審閱,不美觀

(三)對照組缺失

對照組包括空白對照、陰性對照、陽性對照,但一般來講,至少要有陰性對照,空白對照可以忽略。陽性對照大部分情況不是必須的,但是藥物實驗中陽性對照卻是必須的。

而過表達和敲低這種實驗,陰性對照組一定需要,切不可省略。一般用「空白質粒」「scrambles」「sh-NC」「si-NC」「Mock」作為陰性對照組。

(四)內參前后文不一致

全細胞 WB 內參一般有 GAPDH、β-actin、β-tubulin 等,但有時候因為代表作屬于早幾年發(fā)表的,所以和現在預實驗之間的內參可能會存在差異,這種都可以理解,但最好是內參保持一致。但有時候同一批預實驗中內參也有不一致的情況,還望前后保持一致。

(五)沒有統(tǒng)計顯著性標注

預實驗按理來講都是要做到技術性重復和生物學重復,因此每個實驗務必形成一個統(tǒng)計學分析結果,并且附帶顯著性標注「***」「ns(不具有統(tǒng)計學意義)」等。

當然如果預實驗太多,可以選擇性進行統(tǒng)計分析。

(六)WB 條帶背景不均一或者分子量(kDa)沒標注

有些 WB 看起來比較假,因為背景不均衡,不均一,像是不同實驗條件下產生的,而且有時候單圖的邊緣有明顯的的切割的痕跡。

另外一個經常出現的問題就是:WB 結果不標注分子量。這不是一個特別規(guī)范的學術行為。


(七)分子機制的結果缺失

分子機制的證據鏈往往成本很高,畢竟 CO-IP、pulldown、ChIP、熒光素酶報告實驗等的成本不低,而且往往做了也不一定有陽性結果,所以很多本子并沒有放分子機制的預實驗結果圖,這也是很多國自然本子的通病之一。解決方案就是用數據庫預測、motif 預測、各種炫酷的分子對接分析來彌補了。


(八)腫瘤本子預實驗只有一株細胞系

強烈建議腫瘤類的本子,預實驗中最好使用兩株細胞系做功能實驗,并且腫瘤類的本子一定含有體內實驗。

(九)已取得工作成績部分

已取得工作成績部分要簡明扼要,一般的格式是一段話介紹一下自己的科研經歷,可以提一下自己的大牛導師;然后列出自己的代表作文章,并標注一下作者位次以及中科院分區(qū);挑 2-3 篇文章,把重要的實驗結論(或者文章的機制圖)放一張出來,簡單描述一下。而有些同學,把各種實驗圖都抖出來,羅列出 10-20 張小圖,光圖片的序號都排到了十幾,這樣的閱讀感受非常不好,專家讀著累,打分不會太高。

2024 年度國自然醫(yī)學部 50 大科研熱點中標數統(tǒng)計如下:


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