科學(xué)問題的解決往往依賴于科學(xué)技術(shù)的革新，而高新科技獲取的數(shù)據(jù)要經(jīng)過處理才可以變成通俗易懂的格式。圖像數(shù)據(jù)化或可視化是越來越基本的要求。

之前我給大家介紹過兩個(gè)關(guān)于強(qiáng)大軟件 Imaris 的使用教程。它的功能不僅僅限于將圖片輸出為更美觀的形式，將圖片信息提取輸出為統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，甚至針對圖片的不同區(qū)域進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。

它還可以將多張圖片一起輸出成動圖，方便大家像看電影一樣觀看系列數(shù)據(jù)，還可以將系列數(shù)圖片的數(shù)據(jù)提取出來，直觀反映電影里發(fā)生的變化。

此外，在每個(gè)不同的教程中，我都將在 Tips 中滲透介紹 Imaris 為人所忽視的極（巨）體（好）貼（用）功能。

當(dāng)我們研究細(xì)胞亞定位相似的不同的蛋白（例如轉(zhuǎn)錄因子 A 和某共激活子 B）是否有一樣的細(xì)胞定位時(shí)，我們可以對它倆進(jìn)行免疫染色，獲取單層共聚焦圖像，觀察 A 與 B 在細(xì)胞核內(nèi)是否共定位即可。

但是如果我們的觀察對象是細(xì)胞亞定位不完全相同的兩個(gè)蛋白，只是在單層面觀察兩個(gè)蛋白位置是否重合是十分讓人迷惑和抓狂的。

一個(gè)嚴(yán)格的科研結(jié)果絕對不可以用模棱兩可的單純的主觀判斷來定義，這時(shí)候我們往往還需要對拍攝對象進(jìn)行 Z 軸層掃，重構(gòu)不同蛋白在整個(gè)細(xì)胞的確切位置。

是的，當(dāng)我們終于解惑后，我們還要讓 reviewer 們或讀者們對我們的結(jié)果一目了然，這時(shí)我們需要展示一個(gè)不同層面的動態(tài)圖，并且標(biāo)注（highlight）指示蛋白確切位置，一個(gè)豐富靈動的動畫比一張死板的圖更讓人信服我們的結(jié)果結(jié)論。

今天先給大家介紹如何利用 Imaris 輸出 Z 軸層掃圖片的系列動圖，并重點(diǎn)標(biāo)注科研汪們想特別展示的內(nèi)容：

1.打開 Imaris 軟件，【Ctrl+D】調(diào)出 Display 界面。（這一步相信大家已經(jīng)熟悉了吧）。如下圖。

圖片來源于作者

2. 直接將 Z 軸層掃的圖片拖入 Imaris 界面，得到下圖（您可以看到，輸入的圖片們變成一個(gè)有厚度的立方體）。

不知道大家注意到?jīng)]：每次輸入圖片后，系統(tǒng)總是自動進(jìn)入 Surpass 界面，在這個(gè)界面您可以直接使用軟件的各種小工具，的確也是整個(gè)軟件最常用的部分。

但這很容易讓我們忽視軟件的其他強(qiáng)大工具欄。我們需要慢慢探索它的所有強(qiáng)大之處。

圖片來源于作者

Tips 1: 比如 Slice （薄片）工具欄就很好用，之前的教程理論上應(yīng)該提及測量功能。

點(diǎn)擊 Slice 按鈕，您會發(fā)現(xiàn)右側(cè)欄目轉(zhuǎn)變成 Measure 欄（之前在 Surpass 界面下是 Camera 欄），針對圖片點(diǎn)擊兩次鼠標(biāo)左鍵（如白色箭頭所示，點(diǎn)擊兩次會在目標(biāo)點(diǎn)上出現(xiàn)一個(gè)小十字）可以自動獲得這兩次點(diǎn)擊處的 Distance (間距)（如右邊紅框所示）。

這在統(tǒng)計(jì)時(shí)可以用上：手動輸入更確切的細(xì)胞直徑可以幫助軟件更準(zhǔn)確判斷出某張圖中細(xì)胞的參數(shù)，而不是連染色雜質(zhì)或其他非細(xì)胞成分也計(jì)入。

3. 需要關(guān)注 Slice 的第二個(gè)功能就是瀏覽（不同層面），這在本次遇見的問題中就是一個(gè)很好的解決問題的工具。

圖片來源于作者

如上圖，點(diǎn)擊左上角的三角箭頭可以讓不同層面順次播放，而通過手動拖動左側(cè) bar 上的方塊可以人為控制查看某個(gè)層面的圖片。

這樣在判斷共定位時(shí)就十分好用，例如我要判斷位于細(xì)胞質(zhì)的綠色蛋白是否和位于中間絲的紅色蛋白是否表達(dá)在同一個(gè)細(xì)胞中，通過多個(gè)層面的查看就可以準(zhǔn)確判斷出紅綠蛋白沒有同時(shí)表達(dá)在同一個(gè)細(xì)胞中。

而當(dāng)我們回到 Surpass 界面時(shí)，我們就很迷惑。（如下圖白圈圈所示位置，明明看到紅綠疊加的黃色信號，可以判斷共標(biāo)么？模棱兩可，似是而非）

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4. 接下來我們將利用軟件的動畫功能將整個(gè)細(xì)節(jié)展示出來。

想想就有點(diǎn)小激動呢（當(dāng)然當(dāng)你的蛋白也存在靠得很近不好判斷時(shí)你也可以這么干，否則不必畫蛇添足）。

點(diǎn)擊 Animation 按鈕，界面切換成動畫界面，下方藍(lán)色界面是動畫的所有幀。

圖片來源于作者

5. 因?yàn)槭?Z 軸層掃照片，所以我們需要建立一個(gè) Ortho Slicer（如下圖方框 1）。

您可以理解這個(gè)工具為正交切片：將之前在 Surpass 下為一個(gè)正方體的多層疊加圖片成一張張的。

之后我們選擇 ZY plane， 這些圖片就變成 Z 軸上單張的（如下圖方框 2， 如紅色箭頭所示，您看見一個(gè)顯示框，顯示當(dāng)前顯示層面的 Z 軸信息，左側(cè)尺狀圖可以滑動，這樣您可以自由查看每個(gè)層面的圖，這和之前的 Slice 功能的瀏覽功能相似）。

針對這 14.5um 厚的圖，我們可以建立 15 Frames (如方框 3，系統(tǒng)自動默認(rèn)的是 100 幀，如上圖所示的深藍(lán)色窗口)，這樣之后的動畫就有 15 幀。

Tips 2: 動畫窗口的深藍(lán)色條的每個(gè)淺白色豎線對應(yīng)動畫的 1 幀，數(shù)一數(shù)，正好 15 幀。如果您的圖是一張大圖拼接 + Z 軸層掃，您可以建立更多的幀數(shù)，這樣您可以在后期制作時(shí)添加更多包含圖像細(xì)節(jié)的圖片。

圖片來源于作者

6. 最簡單的動畫制作是直接添加首幀最底層圖片和末幀最表層圖片，這樣系統(tǒng)動畫將自動從最底層播放到最表層。

a. 拉動上圖的方框 2 下面的尺狀調(diào)節(jié)箭頭，將 Z 軸調(diào)節(jié)到最低（或則直接輸入：如 0.5um）之后在動畫窗口的第一幀（即第一條豎線處）點(diǎn)擊一下鼠標(biāo)左鍵，這時(shí)動畫的焦點(diǎn)就位于第一幀，點(diǎn)擊 + Add, 那么當(dāng)前畫面（即 0.5um 處的單層圖片）；

b. 拉動調(diào)節(jié)尺將 Z 軸調(diào)節(jié)到最高（如 14.5um, 也就是尺子拉到最右側(cè)），在動畫窗口點(diǎn)擊最后一幀，點(diǎn)擊 + Add, 則當(dāng)前畫面（14.5um）就變?yōu)樽詈笠粠?/p>

7. 點(diǎn)擊上圖方框 3 右側(cè)的小三角，可以播放或停止播放動畫。

8. 點(diǎn)擊播放按鈕下方的實(shí)心圓，彈出動畫輸出界面：可以選擇填寫輸出動畫的名字，類型和播放速度（我填寫了 10 幀 / 秒），之后來看看初步效果。

圖片來源于作者

Tips 3：在制作動畫時(shí)選定的當(dāng)前界面所包含的通道信息才會被顯示！

如果您發(fā)現(xiàn)你需要多展示幾個(gè)通道（比如我們在展示組織切片時(shí)一般都會加上細(xì)胞核的信息），再重新制作動畫時(shí)，只需要點(diǎn)擊 Delete All, 再次添加首末幀即可（此時(shí)記得添加必要的通道，斌且通過 Display 功能將展示通道的信噪比調(diào)到合適）

9. 接下來將動畫里一些細(xì)胞特殊標(biāo)記一下。點(diǎn)擊 Annotate (位于 Animation 左二的位置)。

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進(jìn)入 Annotate 界面后，（如下圖）點(diǎn)擊 Add Annotation, 這時(shí)候下面的界面就出現(xiàn)了：

圖片來源于作者

10. 開始標(biāo)注：在標(biāo)記界面的第二個(gè)窗格（如藍(lán)色小方框所示）來修改標(biāo)記的形狀。

您可以選擇 Sphere 或者 Arrow （箭頭）等，我一般習(xí)慣用箭頭標(biāo)記（默認(rèn)的是一個(gè) Sphere, 這樣直接在一堆細(xì)胞中標(biāo)記，非常容易擋住動畫中的目標(biāo)，所以建議選擇箭頭和圈，而不是球作為標(biāo)記的形狀）。

另外，勾掉 Text box, 只留下標(biāo)記而沒有注解（至于注解請?jiān)谀?Figure legend 里解釋，甚至不解釋人家也可以看到你標(biāo)注了兩個(gè)細(xì)胞）。

圖片來源于作者

此外，點(diǎn)擊形狀前面的正方塊可以選擇標(biāo)注的顏色。（如下圖）

圖片來源于作者

11. 切換回動畫窗格，點(diǎn)擊窗格下方的紅色實(shí)心圓，輸出動畫。

從動畫中可以看出，紅色信號和綠色信號所存在的細(xì)胞不同：細(xì)胞突起延伸不完全重合。（如果結(jié)合藍(lán)色通道細(xì)胞核）

Tips 4: 將圖片的細(xì)節(jié)部位放大（通過調(diào)節(jié)軟件底部的 Zoom , 將圖片放大多倍，讓界面只顯示局部放大的細(xì)胞圖，添加一幀，作為第 16 幀）這樣動畫在播放到這一幀時(shí)就會出現(xiàn)放大的細(xì)節(jié)。

如果間隔幾幀，繼續(xù)添加局部放大的圖片，并添加這一幀（比如說第 20 幀），這樣 16 和 20 幀之間就會自動持續(xù)從上一張細(xì)節(jié)圖移動到這張細(xì)節(jié)圖，從整體播放到局部細(xì)節(jié)展示，會讓動畫更炫酷。也可以用這樣的方式展示您想要展示的細(xì)節(jié)。

好了，利用 Imaris 讓你的圖片靈動起來吧！并且期待我們的第四期教程！

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