科學假說是國自然標書的靈魂。 分子機制又是科學假說的關鍵。我們假設分子機制是:A→B→C,那么分子機制的「故事」該如何娓娓道來呢?這里推薦三種寫法,分別是:正序、倒序和兩頭堵!究竟哪種寫法更好呢?
(一)正序:A→B→C
就像一部電影一樣,不用反轉,就是一部紀錄片的手法,從大數據分析提煉出 A 的差異表達和功能作用,然后沉默 A 或者過表達 A 之后,發現了 B 分子,B 分子是 C 通路或者表型的明星分子,這種敘事方式最波瀾不驚。
如果我們以這篇文章的思路為例,這種敘事方式類似于下面這種邏輯:
已知的基礎知識:
①鐵死亡可抑制肝纖維化,抑制鐵死亡,發生肝纖維化;
②SLC7A11 是鐵死亡的抑制因子;
③HIF-1α 是轉錄激活因子。
A(HIF-1α)→B(SLC7A11)→C(鐵死亡)
故事如下:
(1) 索拉非尼抑制肝星狀細胞(HSC)激活而改善肝纖維化;
(2) 在索拉非尼誘導的抗纖維化過程中,HIF-1α 表達降低;
(3) HIF-1α 通過激活 SLC7A11 的轉錄,SLC7A11 是鐵死亡的抑制因子;
(4) 索拉非尼通過抑制 HIF-1α 觸發 HSC 鐵死亡;
(5) 阻斷 HSC 鐵死亡可消除索拉非尼誘導的抗纖維化作用。
(二)倒序:C→B→A
(1) 索拉非尼誘導的小鼠肝纖維化發生了鐵死亡;
(2) 索拉非尼通過體外觸發鐵死亡抑制 HSC 激活;
(3) 阻斷 HSC 鐵死亡可消除索拉非尼誘導的抗纖維化作用;
(4) 在索拉非尼誘導的抗纖維化過程中,SLC7A11 表達降低;
(5) 索拉非尼通過抑制 SLC7A11 觸發 HSC 鐵死亡;
(6) HIF-1α 通過激活 SLC7A11 的轉錄抑制 HSC 鐵死亡;
(7) 索拉非尼抑制 HIF-1α 的表達水平促進 HSC 鐵死亡;
(三)兩頭堵:A→?→C,原來中間分子是 B(SLC7A11)!
這種敘事方式的邏輯的硬傷最少,最符合邏輯推理的習慣,更容易被大家理解。
(1) 索拉非尼抑制 HSC 激活而改善肝纖維化;
(2) 索拉非尼處理肝纖維化的小鼠后肝發生了鐵死亡;
(3) 阻斷 HSC 鐵死亡可消除索拉非尼誘導的抗纖維化作用;
(4) 在索拉非尼誘導的抗纖維化過程中,HIF-1α 表達降低;
(5) 索拉非尼通過抑制 HIF-1α 觸發 HSC 鐵死亡;
(6) HIF-1α 通過激活 SLC7A11 的轉錄抑制 HSC 鐵死亡。
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