1972年6月，周恩來在批陳整風匯報會議上曾經說：“這件事情，是毛主席經常講的，在座的不少同志聽到，主席不總是拿這個古人的事（指宋太宗評呂端）來比喻嗎？”……就是說，沒有劍英同志立這個功，要不是毛主席出來制止，那個局勢就很壞了。……在關鍵時刻才顯出是同志嘛！古話說，‘疾風知勁草，板蕩識誠臣’嘛！”這里說到的，就是葉劍英和毛主席在長征中共同經歷過的一件事情。

1935年9月初的巴西，毛主席焦慮地凝神眺望遠方。幾天來，中央三令五申要張國燾率左路軍向北靠攏，張國燾卻在阿壩按兵不動，甚至提出要右路軍折頭南下。一、四方面軍會合以來的爭執，至此已到了白熱化的程度。莫非會有什么變故？此刻，葉劍英參謀長推門疾入，將一份電令交給了毛主席。

葉劍英是從右路軍前敵總指揮部趕來的。指揮部正在開會，新任總政治部主任陳昌浩興致勃勃地講著話。機要員推門進來，將一封電報遞給陳昌浩。陳昌浩順手接了過來，放在一側。葉劍英上前拿過電報，急看一遍，感到事關重大，便借故離開會場，向中共中央駐地跑來。這封電報是張國燾打給陳昌浩的，命令他率右路軍南下，徹底開展黨內斗爭。其用意顯而易見。

毛主席看完電報，立即用鉛筆把它抄下來，并囑咐葉劍英處境危險，要趕快回去，務必提高警惕，以防意外。葉劍英迅速跑回前敵總指揮部，若無其事地走進會場。剛才發生的這一幕，幸好未引起與會者的注意。

毛主席立即與張聞天、博古等緊急磋商。大家一致同意，為了執行黨的北上抗日決議，避免紅軍內部可能發生的武裝沖突，中央決定率紅一、三軍團迅速離開巴西。

為了避免過早暴露意圖，毛主席先到前敵總指揮部陳昌浩、徐向前那里商量。他先走到徐向前住處，站在院子里詢問徐向前：“向前同志，你的意見怎么樣？”徐向前說：“兩軍既然已經會合，就不宜再分開，四方面軍如分成兩半恐怕不好。”毛主席要他早些休息，便告辭了。

毛主席又走到陳昌浩那里。陳昌浩說：“張總政委來電要南進。”毛主席當即說：“既然要南進嘛，中央書記處要開一個會。周恩來、王稼祥同志病在三軍團部，我和張聞天、博古去三軍團司令部就周、王開會吧。”陳昌浩沒有多想，便同意了。

毛主席一行很快趕到三軍團駐地，召開中央政治局緊急會議，確定中共中央率一、三軍團立即北上的方針。脫離險境的準備工作立即迅速而秘密地展開了。

與此同時，葉劍英秘密來到前敵總指揮部作戰科，找到副科長呂繼熙（呂黎平），要來當時唯一的一份十萬分之一的甘肅省地圖，以為中共中央率一、三軍團北上急用。

毛主席在離開巴西之前，考慮到葉劍英的安全，曾經特地通知他以到三軍團參加直屬隊會議的名義，迅速離開前敵總指揮部。葉劍英考慮到全局的利益和軍委縱隊同志的安危，決意要和軍委縱隊一起走。怎樣才能把軍委縱隊安全帶走？葉劍英急中生智，決定利用張國燾南下的電報，以打糧準備南下為由，得到了前敵總指揮部的同意。

9月10日1點30分左右，葉劍英悄悄起床，披上大衣，從床下的小藤箱里取出那份甘肅省地圖，走出前敵總指揮部駐地——喇嘛廟。他碰到軍委秘書長肖向榮，便把地圖交給他，并交代說：“這可是要命的東西，你千萬要管好！”臨出發，他發現手槍沒有帶，便立即返回大殿，趕忙拿了左輪手槍，便急促上路。

葉劍英和軍委縱隊從潘州趕到阿西，見到毛主席、周恩來、王稼祥。毛主席非常高興，說：“哎呀！劍英同志，你出來了，好！好！現在情況緊急，我們不能在此停留，應立即向俄界前進，與一軍團會合。”

這次遇險，毛主席久久不能忘懷。他多次稱贊葉劍英：“諸葛一生唯謹慎，呂端大事不糊涂。”1967年毛主席還對周圍的人說：“葉劍英同志在關鍵的時候是立了大功的。如果沒有他（邊說邊摸腦袋）就沒有這個了。”這件事情，為毛主席與葉劍英的關系奠定了牢不可破的基礎。

1941年2月2日，葉劍英從重慶南方局調回延安。

毛主席立即在楊家嶺會見了葉劍英。葉劍英詳細匯報了皖南事變前后與國民黨政府交涉情況，并把周恩來給中共中央、毛主席的信，以及鄧穎超給毛主席的照片交給他。毛主席同葉劍英進行了長時間的親切交談，并在當晚致電周恩來：“（一）劍英本日上午10時抵延，暢談5小時。收到來示，欣慰之至，報紙題字亦看到，為之神往。（二）小超同志照片收到，敬謝。”這個電報，充分表達了毛主席對周恩來、葉劍英等在國民黨統治區工作的關注和評價。

毛主席十分欣賞葉劍英在參謀工作方面的領導才干，任命他為中共中央軍事委員會參謀長，兼第十八集團軍參謀長。

當時的根據地，星羅棋布，四面八方。為了使最高決策層及時掌握全局動向，葉劍英上任不久即建立了軍委一局及其他有關部門的定期匯報制度，組織出版《作戰周報》和《一月軍事動態》。鑒于第二次世界大戰正處于關鍵階段，他又組織力量成立資料研究室，收集、整理國際戰況，研究國外軍事名著，并出版了《國際資料》。毛主席看了這些材料，大加贊賞，說這樣做“大有幫助”。

葉劍英請示毛主席同意，組織“各路諸侯”到王家坪，共同研究對敵斗爭情況。這種做法，很像醫學專家對疑難病癥的“會診”，引起“各路諸侯”的濃厚興趣。當時，上至朱德、劉伯承，下至分兵把關的賀龍、陳毅、徐向前、聶榮臻、陳賡、羅瑞卿等都先后前來參加，大家暢所欲言。

1941年6月，蘇德戰爭爆發。在這種新局面下，侵華日軍主攻方向將有何變化？中國抗日戰爭將如何發展？毛主席責成葉劍英組織力量研究這些問題。在參謀人員中，形成兩種意見：一種意見認為，日軍可能乘人之危，配合德軍，北上進攻蘇聯；另一種意見認為，日軍南進的可能性更大，謀取在東亞、南亞“以戰養戰”。葉劍英歸納大家的意見，上報毛主席，指出：我們的戰略思想和戰爭準備，雖然要預計到日軍北進、南下兩種可能性，但是當前的側重點應該是對付日軍南下。這一分析，已為日后的戰爭進程所證明。

1943年六七月間，面對國民黨頑固派的第三次反共高潮，毛主席積極采納葉劍英的建議，導演了一出“現代空城計”。

當時，蔣介石、胡宗南圍攻陜甘寧邊區的部隊共四五十萬人，而邊區部隊不過只有三四萬人。葉劍英反復考慮退敵之策，感到光靠我們的軍事力量打退國民黨軍隊的進攻，在當時是難以辦到的，必須采取以智勝敵的辦法，破例使用我們掌握的軍事情報，公開揭露國民黨的進攻陰謀。不過，公開揭露，可能給我們的情報工作帶來不利影響。為此，葉劍英向毛主席匯報了自己的想法，又專門征求業務部門的意見。

毛主席終于采納了他的意見，批準新華社詳細公布國民黨軍隊調動情況，并為《解放日報》撰寫了《質問國民黨》的社論。隨后，延安召開數萬人大會，通電全國，揭露國民黨頑固派的內戰陰謀。

蔣介石見事情敗露，只好授意胡宗南致電朱德，表示：“敝部換防，請勿誤會。”胡宗南的親信、機要室主任也被撤職。

這場精心謀劃的內戰，就這樣兵不血刃地破產了。