《孤舟》是一部以抗日戰(zhàn)爭(zhēng)為背景的懸疑戰(zhàn)爭(zhēng)劇，主要講述了顧易中在抗戰(zhàn)期間經(jīng)歷的一系列復(fù)雜事件和成長(zhǎng)的故事。其中對(duì)他影響巨大的兩個(gè)女人一個(gè)是初戀肖若彤，一個(gè)是相濡以沫的張海沫。

胡之平作為一個(gè)有文化有思想的愛(ài)國(guó)人士，卻在利益誘惑之下以顧慧中和孩子為借口投靠周知非，而如張海沫這樣的普通人，卻為了國(guó)家和愛(ài)人甘愿進(jìn)入旋渦中心。

羅武強(qiáng)表白肖若彤，黃秋收犧牲，才知顧易中對(duì)張海沫有多深情。

顧易中一開(kāi)始進(jìn)入90號(hào)特工站只為了證明自己的清白，而隨著胡之平“八號(hào)細(xì)胞”的身份被揭開(kāi)，父親、姐姐皆因此事而死，查明真相后他本想接受肖若彤的建議，離開(kāi)蘇州去根據(jù)地，可區(qū)昕萍卻用張海沫的性命威脅他。要求為她提供蔣伯先的消息，他只能被迫重回90號(hào)。

他清楚存在于她們兩人之間的感情，海沫并不會(huì)真的有生命危險(xiǎn)，只是即使只有萬(wàn)分之一的可能，他也絕不能讓此事發(fā)生。一路以來(lái)，他遭所有人唾棄時(shí)，甚至連姐姐顧慧中、女友肖若彤都不敢完全信任他，海沫都從未懷疑過(guò)他。總在他需要的時(shí)候幫他度過(guò)危機(jī)，不求任何回報(bào)。

蔣伯先被營(yíng)救成功。又收到了美國(guó)轟炸日本珍珠島的消息，一連串事件讓李先生看到了未來(lái)局勢(shì)的變化，日本人很快就會(huì)徹底完了。為了未來(lái)的生存他需要更多的籌碼，便讓周知非拉攏羅武強(qiáng)。而羅武強(qiáng)驍勇善戰(zhàn)，手握一支八千人的獨(dú)立精銳部隊(duì)，并且武器精良，實(shí)力出眾，因此各方勢(shì)力都想要拉攏他與自己統(tǒng)一戰(zhàn)線。

海沫生日，顧易中以給她買(mǎi)禮物為由與黃秋收接頭，給他的任務(wù)是查清小林信男正在實(shí)施的“武工作”的具體計(jì)劃和細(xì)節(jié)。海沫看到了一切，卻絲毫沒(méi)有責(zé)怪就連生日都要算計(jì)進(jìn)來(lái)。她處處配合他的需求，甚至體諒他不能愛(ài)的心情。

周知非為了抓到顧易中的把柄，誣陷海沫是重慶方面的特務(wù)。顧易中以海沫是未婚妻為理由將此事化解了。后來(lái)他故意讓顧易中、張海沫、肖若彤、羅武強(qiáng)一起參加飯局，希望從中找出幾人假關(guān)系的破綻，最終在海沫的協(xié)助下，依然沒(méi)有突破。

肖若彤被派去接近羅武強(qiáng)，羅武強(qiáng)卻說(shuō)在很久之前他便心儀于她。甚至準(zhǔn)備好了求婚的戒指希望她能嫁給他。在得知他對(duì)自己的感情后，她不愿用感情的事情欺騙他加入她的陣營(yíng)，果斷的拒絕了他。

周知非拿到黃秋收與顧易中接頭的照片時(shí)，立刻聯(lián)系了上海的人抓了黃秋收。他以為終于抓住了顧易中的把柄，卻沒(méi)想到黃秋收在被押往90號(hào)的途中，與全車(chē)人同歸于盡了。

而羅武強(qiáng)在搖擺不定時(shí)，顧易中終于找到了日本人關(guān)于“武工作”的情報(bào)，原來(lái)日本人一直是假借合作為由，實(shí)際是想暗地里將他一網(wǎng)打盡。在看清真相后，羅武強(qiáng)才終于答應(yīng)了肖若彤的提議。

可周知非依然不甘心，他綁走了肖若彤，肖君俠與顧易中暗中營(yíng)救肖若彤，眼看著就要成功了，卻在最后一步被開(kāi)槍打死了。肖若彤死在了顧易中的懷里。

她看到了顧易中與張海沫之間的默契和感情，只怪自己當(dāng)初沒(méi)有更堅(jiān)定的相信他，沒(méi)能用盡全力與他站在一起，而到最后時(shí)刻，她明白他從未辜負(fù)自己，但他的心里在不知不覺(jué)中，早已住進(jìn)了另一個(gè)人，只是他沒(méi)有察覺(jué)。

周知非的晚宴上，雖然他隱忍著情緒，但他對(duì)海沫關(guān)心和自然的靠近是能看出他內(nèi)心深處對(duì)她的依賴(lài)，仿佛只有她才能讓他翻涌的內(nèi)心恢復(fù)平靜和安寧。

他從不敢承認(rèn)自己對(duì)海沫的感情，或許到最后他也不敢看清自己，只能用革命友誼來(lái)解釋對(duì)她的依賴(lài)和喜歡。

羅武強(qiáng)的加入為抗戰(zhàn)的勝利奠定了基礎(chǔ)。黃秋收卻在此次事件中犧牲了。看到最后，才知張海沫和顧易中在不知不覺(jué)中早已互相牽絆。不在是單方面的喜歡。