伊犁哈薩克自治州是我國唯一既轄地區、又轄縣市的自治州，轄塔城、阿勒泰兩個地區和11個直屬縣市，共轄25個縣市。

在行政管理上，伊犁哈薩克自治州管理州直區域，管理11個縣市，不包括塔城、阿勒泰地區；塔城地區、阿勒泰地區分別管理7個縣市。

伊犁哈薩克自治州（州直）、塔城地區、阿勒泰地區分別管理若干個縣市，這是伊犁哈薩克自治州在行政管理體制上的重要特點。

在干部人事方面，塔城、阿勒泰兩個地區的干部任免與其他地區比較有以下幾個特點：

(一)有關法律規定，自治區主席、自治州州長、自治縣縣長由實行區域自治的民族的公民擔任；根據此規定，伊犁哈薩克自治州的州長由哈薩克族干部擔任。塔城地區、阿勒泰地區是伊犁哈薩克自治州的重要組成部分，塔城地區、阿勒泰地區的行署專員均由哈薩克族干部擔任。

(二)新疆維吾爾自治區的阿克蘇地區、喀什地區、和田地區的人大工委是新疆維吾爾自治區人大常委會派出的工作機構，這三個地區人大工委的主任、副主任、委員等由新疆維吾爾自治區人大常委會任免；塔城地區、阿勒泰地區的人大工委是伊犁哈薩克自治州人大常委會派出的工作機構，這兩個地區人大工委的主任、副主任、委員等由伊犁哈薩克自治州人大常委會任免。

(三)新疆維吾爾自治區的阿克蘇地區、喀什地區、和田地區的政協工委是新疆維吾爾自治區政協派出的工作機構，這三個地區政協工委的主任、副主任等由新疆維吾爾自治區政協常務委員會任免；塔城地區、阿勒泰地區的政協工委是伊犁哈薩克自治州政協派出的工作機構，這兩個地區政協工委的主任、副主任等由伊犁哈薩克自治州政協常務委員會任免。

(四)新疆維吾爾自治區人大常委會任免阿克蘇地區、喀什地區、和田地區的中級人民法院的院長、副院長、審判委員會委員、審判員等職務；伊犁哈薩克自治州人大常委會任免塔城地區、阿勒泰地區的中級人民法院的院長、副院長、審判委員會委員、審判員等職務。

(五)新疆維吾爾自治區人大常委會任免自治區人民檢察院阿克蘇、喀什、和田分院的檢察長、副檢察長、檢察委員會委員、檢察員等職務；伊犁哈薩克自治州人大常委會任免自治州人民檢察院塔城、阿勒泰分院的檢察長、副檢察長、檢察委員會委員、檢察員等職務。