總參謀部和軍委辦公廳是一個小組，被當做批彭的重點。小組組長是中共中央候補委員、總參裝備計劃部部長萬毅。

這個小組兩三天都沒人發言。這時主持會議萬毅笑了笑：“既然大會一再要我們揭批判，我們倒不如認真把彭德懷的‘意見書’學習學習，討論討論，看看他的意見有沒有錯誤，存在不存在‘右派’‘反黨’問題。黨的政策是有錯必糾。知錯就改嘛！希望大家實事求是，有什么說什么。”

萬毅的這番“誘導”，一下子把大家的話匣子打開。他們列舉了許多事例，說明彭德懷的“意見書”是有理有據的。萬毅于是鄭重地布：“看來大家都沒有什么可批的，一致通過，我作為本組組長，代表大家的意見。確定小組解散，大家各自分頭學習。”萬毅后來作為“彭德懷的狗腿子”被看管了起來。

接下去的批判會，變成了表態會。劉少奇、周恩來等領導人和幾位元帥，也都先后到會，作了表態性發官。

劉少奇在講話中比喻說：“飛機從北京飛往南京，它的航線總不會是筆直的，總是忽左忽右，有上有下。但要看到它的大方向不變，總是要飛到南京去的。大運動嘛，難免出現一些問題，只要是動機好，效果對，就不應該把它搞得那么嚴重；只要大方向對頭，就不要過多強調它采取什么方法。我們忽視了這一條。”

這段話，當然是巧妙的折中主義：既肯定了“三面紅旗”“方向對頭”，又暗中偏袒了彭德懷。這段話到“文革＂時期成了指控劉少奇＂反黨＂的一條罪狀。

但劉少奇在講了上面這段話之后，對彭德懷的批判也是很苛刻的，所依據的“事實”也與毛澤東一致，這就是：第一，彭德懷曾參加過高饒反黨聯盟；第二，彭德懷組織了“軍事俱樂部”；第三，彭德懷“里通外國”；第四，彭德懷在廬山“急于發難＂。彭德懷聽了，氣憤地將鉛筆一摔，閉上眼睛。

周恩來的講話很沉重。他除了批評彭德懷等人在廬山的表現是欠妥的，不慎重之外，主要講了自己的責任，“沒有將工作做好，致使彭德懷同志過間此事，釀成今日的錯誤＂。但周恩來沒有想到，他的這番話很快傳到了毛澤東耳朵里，毛澤東笑了笑說：“他歷來如此，和稀泥。”

迫于形勢，中國人民解放軍的締造者之一，總司令朱德不得不在會上作了檢討。這個檢討被印發縣、團級以上黨的組織。

陳云是唯一沒有在會上表態的人。他從廬山會議到軍委擴大會議，一直緘口沉默。他以無聲表達著自己意念。

九月十三日，會議的最后一天。約八點鐘，當與會者來到會場的時候只見毛澤東早已坐在主席臺上了。毛澤東說：“我還沒有吃早飯，如果你們不反對的話，我就在這兒吃點東西。”很快，一位服務員端上來半碗稀粥、三塊饅頭干和一小碟炒辣椒。

毛澤東拿起饅頭干，夾上辣椒，一邊吃，一邊講：“我這個人專愛吃辣子，可有的人不喜歡吃。人各有志，不必強求嘛。我勸你們幾位（指彭、黃、張、周）應該學會吃‘辣子’了，不然怎么知道‘辣椒’是辣的呢？”

“噢！聞天同志，我可沒有想到你也參加“軍事俱樂部”了。這下可好，你們搞的是文武合璧嘛！文是張聞天、周小舟，武是彭德懷、黃克誠嘛！聽說你們還想把胡喬木、田家英、吳冷西幾位同志也拉過去，這可不行。你們別想著搞陰謀，把我的秀才拿走……”