更多靈活就業人員選擇社保醫療時，除了經濟上的擔心外，總擔心醫保待遇和單位在職職工有著較大的區別。但實際上靈活就業人員和在職職工在辦理了社保醫療的退休以后，享受的相關待遇是沒有區別的。由于兩者購買者都是城鎮職工醫療保險，因此報銷的比例，額度等相關待遇都是一樣的。
而兩者之間的區別主要是在繳費期間。他們的區別主要有4點。
第一，靈活就業人員繳費的時間上會更靈活一些。只要達到了同一統籌區辦理醫療退休所需要的最低年限，即得到法定退休年齡后可辦理退休。而在職職工工作期間應該持續繳納費用直至退休年齡。
第二社保醫療費用的承擔不同。在職職工一般由單位和個人去共同承擔社保醫療的費用，而靈活就業人員需要自己全額支付相關的費用。
第三繳費基數確定方式的不同。在職職工一般按照本人上一年月平均收入的百分之比繳納。一般情況都是按照8%的標準繳納，其中單位承擔6%，個人承擔2%。而靈活就業人員的社保醫療費用的繳納，是以統籌區上一年在職職工的月平收入為基數，按照其基數的4.5%或者10%的標準去進行繳納（按照高低檔的標準或者按照期是否按照在職職工購買過職工醫而定）。
第四，保障的內容有所不同。在職職工繳納的社保醫療除了統籌醫療賬戶以外，還設置了個人的醫療賬戶，每月按照一定的比例返還個人醫療費用。靈活就業人員多數只設立了統籌醫療賬戶，而沒有設置個人醫療賬戶。
當然有一點是需要去注意的。對于有一部分地區而言。即使是靈活就業人員。也會按照社保醫療檔次做了劃分。低檔沒有設置個人醫療賬戶，費用相對較低。而高檔的社保醫療和在職職工的社保醫療一樣，設立了醫療籌賬戶，也設立了個人醫療賬戶。
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